در حالیکه دفتر رهبر جمهوری پیشتر اعلام کرده بود که او در انتخاب وزیر علوم دخالت نمی‌کند، یک نماینده مجلس گفته است که آیت الله خامنه‌ای تا کنون بیش ۱۰ گزینه حسن روحانی برای وزارت علوم را رد کرده است.
محمود صادقی، نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی روز سه‌شنبه ۲۵ مهر در توئیتی نوشت: «به گفته مسئولان ذی ربط، رئیس جمهوری تاکنون بیش از ۱۰ گزینه برای وزارت علوم معرفی کرده که مورد تأیید رهبری قرار نگرفته‌اند!»
او سپس در توئیت دیگری نوشته است که از دفتر رهبر جمهوری اسلامی انتظار می‌رود برای رفع شبهه در خصوص نحوه هماهنگی رئیس جمهوری با رهبری در انتخاب وزیر علوم توضیح دهد.
ایالات متحده و سازمان های بین المللی انتخابات ریاست جمهوری در ایران را آزاد نمی دانند و می گویند نامزدها باید از سد شورای نگهبان منتخب رهبر بگذرد اما به نظر می رسد غیر از سد شورای نگهبان، خود رهبر هم درباره گزینه های وزارت نظر می دهد.
حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، وزرای پیشنهادی برای دوره دوم دولت خود را مرداد ماه به مجلس معرفی کرد اما نام وزیر علوم در میان گزینه‌های او نبود. بدین ترتیب او کار دولت خود را بدون وزیر علوم، و با تعیین ضیاء هاشمی به عنوان سرپرست این وزارتخانه، آغاز کرد.
تعیین وزیر علوم برای حسن روحانی چه در دوره قبل و چه در این دوره بسیار خبرساز بوده است.
در دوره اول ریاست جمهوری آقای روحانی که اکثریت مجلس در اختیار اصولگرایان بود، نمایندگان با سه گزینه او، جعفر توفیقی، جعفر میلی منفرد و دانش آشتیانی مخالفت کردند. آنها رضا فرجی دانا را نیز چند ماه پس از رای اعتماد، استیضاح کردند و صندلی وزارت را از او گرفتند. در ادامه محمد علی نجفی برای مدتی سرپرست وزارت علوم بود و سپس محمد فرهادی به عنوان وزیر رای اعتماد گرفت.
حال به نظر می رسد که آقای روحانی در دولت دوم خود، در حالیکه اکثریت مجلس را همراه خود دارد، برای تعیین وزیر علوم به مشکل دیگری خورده است.
طی روزهای اخیر نام‌های مختلفی در وبسایت‌های خبری به عنوان گزینه‌های وزارت علوم مطرح شده اما هیچ یک از آنها به طور رسمی تایید نشده است؛ از جمله رضا فرجی‌دانا، عبدالرضا باقری، ضیاء هاشمی، هادی خانیکی و الهام امین زاده.
اوایل مرداد ماه، پیش از اعلام نام گزینه‌های حسن روحانی برای هیات دولت، سایت دفتر حفظ و نشر آثار آیت الله خامنه‌ای در یادداشتی اعلام کرد همه روسای دولتها همه دولتها، وزیران دفاع، امور خارجه و اطلاعات را با هماهنگی با رهبر جمهوری اسلامی انتخاب می‌کنند.
در این یادداشت همچنین آمده بود که رهبر جمهوری اسلامی در مورد سه وزارتخانه آموزش و پرورش، علوم، و فرهنگ و ارشاد حساسیت‌هایی دارد اما «اما در انتخاب مسئولان این وزارتخانه‌ها، ورود نمی‌کنند.»
این در حالیست که محمود صادقی، نماینده اصلاح طلب مجلس از مخالفت آیت الله خامنه‌ای با بیش از ۱۰ گزینه روحانی با وزارت علوم خبر داده است. این خبر، در حالیکه آقای روحانی با وجود مجلسی نسبتا همراه همچنان از اعلام نام گزینه خود برای وزارت علوم خودداری می کند، بعید به نظر نمی رسد.
