در حالی که شورای نگهبان معتقد است طبق سیاست‌های انتخاباتی ابلاغ شده رهبر جمهوری اسلامی ایران، این شورا باید بر به طور مستمر بر نمایندگان مجلس نظارت استصوابی داشته باشد، علی مطهری نایب رئیس مجلس چنین نظارتی را خلاف اصول قانون اساسی دانسته است.
علی مطهری روز سه‌شنبه چهارم آبان در واکنش به سخنان احمد جنتی دبیر شورای نگهبان و عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان به خبرگزاری ایسنا گفت، نظارت بر صلاحیت نمایندگان در طول دوره نمایندگی موضوع جدیدی نیست و همین حالا نیز اگر نماینده‌ای جرم بزرگی مانند قتل یا شرب خمر و یا فساد مالی و اخلاقی بزرگی مرتکب شود با او برخورد می‌شود و مجلس می‌تواند اعتبارنامه او را باطل کند.
نایب رئیس مجلس شورای اسلامی اضافه کرد: «اگر این نظارت شامل اظهارنظرهای نمایندگان بشود، این امر با اصول ۸۴ و ۸۶ قانون اساسی سازگار نیست، چرا که طبق این دو اصل نماینده مجلس حق دارد در همه مسائل داخلی و خارجی کشور اظهارنظر کند و نمی‌توان او را به سبب نظراتی که در مجلس اظهار کرده تعقیب یا توقیف کرد.»
این در حالیست که سخنگوی شورای نگهبان روز دوم آبان در یک برنامه تلویزیونی گفت که بر اساس سیاست های ابلاغ شده از سوی رهبر جمهوری اسلامی، «نظارت شورای نگهبان به پس از تصویب اعتبارنامه نمایندگان نیز تسری یافته و در تمام طول دوران نمایندگی، استمرار خواهد داشت.»
به گفته آقای کدخدایی «آنچه که اجرا می‌شد این بود که اختیارات شورای نگهبان تا زمان تصویب اعتبارنامه منتخین بود، اما هم‌اکنون در بند ۱۳ امر جامعی در نظر گرفته شده و بر لزوم نظارت بر انجام وظیفه نمایندگان و ضرورت استمرار نظارت بر شرایط و حسن اجرای وظایف نمایندگی تاکید شده است.»
این در حالیست که به گفته علی مطهری، در سیاست‌های ابلاغ شده رهبر جمهوری اسلامی برای نظارت مستمر بر نمایندگان، مرجع نظارت مشخص نشده و در واقع این امر به عهده قانون گذاشته شده است. او گفت: «ممکن است این مرجع خود مجلس و قانون نظارت بر رفتار نمایندگان باشد که بهتر نیز همین است.»
در همین رابطه، بهمن کشاورز حقوقدان و رئیس اتحادیه سراسری کانون‌های وکلای دادگستری نیز به روزنامه ایران گفت که استنباط حقوقی او درباره بند ۱۳ این نیست که شورای نگهبان می‌تواند پس از پایان انتخابات و تأیید اعتبارنامه‌ها و شروع کار مجلس تا پایان کار نمایندگان بر رفتار نظارت داشته و نسبت به آنان و نمایندگی‌شان تصمیماتی اتخاذ کنند.
رهبر جمهوری اسلامی ۲۴ مهر سیاست‌های کلی انتخابات را به قوای سه گانه و مسئولان عالرتبه ابلاغ کرد. بند ۱۳ این سیاست‌ها بر « تعیین سازوکار لازم برای حسن اجرای وظایف نمایندگی، رعایت قسم‌نامه، جلوگیری از سوءاستفاده مالی و انجام اقدامات لازم در صورت زوال یا کشف فقدان شرایط نمایندگی مجلس در منتخبان» تاکید کرده است.
در واکنش به ابلاغ این سیاست ها، احمد جنتی دبیر شورای نگهبان روز سه شنبه چهارم آبان گفت: «نظارت بر نمایندگان نباید تشریفاتی باشد. اگر نماینده ای وارد مجلس شد بعد مشخص شد فاقد شرایط بوده است یا این که در طول دوره این شرایط را از دست داد، آیا نباید اقدامی شود تا دوره نمایندگی او به پایان برسد؟»
او ساز و کار مجلس برای نظارت بر نمایندگان را کافی ندانست.
اوج اختلاف بر سر نظارت بر شورای نگهبان و تایید صلاحیت نامزدهای انتخاباتی بر سر موضوع رد صلاحیت مینو خالقی، منتخب شهر اصفهان بود که شورای نگهبان پس از تایید سلامت برگزاری انتخابات، آرای او را باطل کرد. این اقدام که رد صلاحیت خانم خالقی پس از تایید انتخابات و شمارش آرا محسوب می شد، انتقاد دولت و بسیاری از نمایندگان را بر انگیخت، اما هیات حل اختلاف سرانجام نظر شورای نگهبان را تایید کرد.
با این حال دولت و مجلس شورای اسلامی اعلام کرده اند که طبق قانون، شورای نگهبان نمی تواند پس از شمارش آرا و تایید سلامت انتخابات، صلاحیت نماینده منتخب را رد کند.