سعید مرتضوی، دادستان عمومی و انقلاب تهران در زمان اعتراضات سال ۱۳۸۸ در نامه ای خطاب به دادگاه، به خاطر وقایع بازداشتگاه کهریزک از رهبر جمهوری اسلامی ایران، خانواده کشته شدگان کهریزک و مردم ایران عذرخواهی کرد.
به گزارش خبرگزاری تسنیم، سعید مرتضوی که با شکایت خانواده محسن روح الامینی بار دیگر برای رسیدگی به حوادث بازداشتگاه کهریزک به دادگاه فراخوانده شد، روز یکشنبه ۲۱ شهریور در این نامه نوشت: "اینجانب به عنوان دادستان وقت تهران در پیشگاه خداوند و وجدان خود از وقوع این حادثه هولناک اگرچه خداوند باری تعالی عالم است، در شکل‌گیری آن هیچ عمدی نبوده، ابراز شرمندگی می‌کنم."
اواخر تیر ماه سال ۱۳۸۸ انتشار اخباری مبنی بر بدرفتاری با بازداشت شدگان اعتراضات پس از انتخابات در بازداشتگاه کهریزک در جنوب تهران خبرساز شد.
در پی مرگ تعدادی از زندانیان از جمله محسن روح الامینی، فرزند مشاور محسن رضایی، رهبر جمهوری اسلامی ایران دستور تعطیل شدن این بازداشتگاه را صادر کرد.
در جریان رسیدگی به این حوادث، دستگاه قضایی ایران مرگ محسن روح الامینی، محمد کامرانی و امیر جوادی فر را به دلیل بدرفتاری در این بازداشتگاه تایید کرد.
سعید مرتضوی که گفته شده دستور انتقال بازداشت شدگان به بازداشتگاه کهریزک را صادر کرده بود، در بخشی از نامه عذرخواهی خود آورده است: "در رابطه با واقعه خونبار تیرماه ۸۸ ... به عنوان دادستان وقت عمیقا ابراز تأسف و اعتذار نموده و از مقام شهیدان مظلوم این حادثه جوادی‌فر، روح‌الامینی و کامرانی طلب پوزش می‌نمایم."
دادگاه مربوط به شکایت از سعید مرتضوی به دلیل وقایع کهریزک از حدود پنج سال پیش به اتهامات سعید مرتضوی رسیدگی کرد و سرانجام مرداد سال گذشته او را از اتهام معاونت در قتل و تنظیم گزارش خلاف واقع تبرئه کرد. این پرونده با شکایت دوباره خانواده محسن روح الامینی، دوباره به جریان افتاد و به دادگاه تجدید نظر رفت.
دادستان پیشین تهران پیشتر به دلیل حوادث کهریزک به انفصال دائم از خدمات قضایی و پنج سال انفصال از خدمات دولتی محکوم شده بود.
سعید مرتضوی که در دوره دوم ریاست جمهوری احمدی نژاد ریاست سازمان تامین اجتماعی را بر عهده داشت، در ارتباط با تخلفات خود در زمان ریاست بر سازمان تأمین اجتماعی نیز به یک سال حبس که شش ماه آن تعلیقی است و حدود ۴۷ میلیون تومان رد مال محکوم شد.
