پنج نماینده مجلس شورای اسلامی با ارسال نامه سرگشاده‌ای به رئیس قوه قضاییه نسبت به برخورد متفاوت دستگاه قضایی با سعید مرتضوی، دادستان عزل شده تهران اعتراض کردند.
احمد توکلی، الیاس نادران، علیرضا محجوب، حسین دهدشتی و نادر قاضی‌پور خطاب به صادق لاریجانی نوشتند که با گذشت دو سال از ارسال گزارش هیأت تحقیق و تفحص مجلس از سازمان تأمین اجتماعی در دوران ریاست سعید مرتضوی، دستگاه قضایی ایران تاکنون به این پرونده رسیدگی نکرده است.
همچنین سفر این متهم اقتصادی به عراق برای شرکت در مراسم اربعین، "سخره گرفتن قوای تقنینی و قضائی کشور" توصیف شده و رفع ممنوع‌الخروجی او حاوی این پیام دانسته شده که "اولا ظاهرا این فرد، فرد استثنایی است و ثانیا نمایندگان مجلس شأن نظارتی خودرا ازدست داده‌اند."
در این نامه به ضبط مکالمات سعید مرتضوی با فاضل لاریجانی، برادر روسای مجلس و قوه قضاییه نیز اشاره شده و آمده است که عدم برخورد با فرد مسبب این حرکت، باعث خواهد شد "که فرد مطلق العنان با سرمایه های میلیون ها بیمه شده مانند پول توجیبی رفتار نموده و از کیسه فقرا حاتم طایی شود".
آقای مرتضوی به عنوان دادستان وقت تهران در پرونده بازداشتگاه کهریزک به عنوان متهم در دادگاه حضور پیدا کرد و از اتهام معاونت در قتل و گزارش خلاف تبرئه شد، اما به جرم "بازداشت غیرقانونی" به انفصال دائم از خدمات قضایی و پنج سال انفصال از خدمات دولتی محکوم شد.
یک سال حبس و محکومیت به "رد مال" نیز در پرونده اتهامات سعید مرتضوی در زمان ریاست بر سازمان تامین اجتماعی درنظر گرفته شده است.
سعید مرتضوی در چند پرونده دیگر نیز به مواردی مانند اختلاس و سوء استفاده از اختیارات دولتی متهم است و در جریان محاکمات بابک زنجانی نیز نام او برده شده است.
با این حال دستگاه قضایی ایران برای او حکم ممنوع‌الخروجی درنظر نگرفت و خروج این قاضی سابق از کشور و انتشار عکس‌هایش از حضور در عراق در شبکه‌های اجتماعی باعث اعتراض فراوان شد.
