مجلس خبرگان رهبری با صدور بیانیه‌ای تصمیم آیت الله خمینی درباره اعدام زندانیان سیاسی در سال ۶۷ را "انقلابی"، "به موقع" و "دوراندیشانه" خواند.
بیش از دو هفته پس از انتشار فایل سخنان آیت الله منتظری در جمع هیات قضایی اعدام‌های ۶۷، مجلس خبرگان رهبری روز یکشنبه هفتم شهریور با انتشار بیانیه‌ای نسبت به انتشار این فایل و سخنان آیت الله منتظری که در آن زمان این اعدام ها را "بزرگترین جنایت" جمهوری اسلامی خواند، واکنش نشان داد.
در بخشی از این بیانیه آمده است که احتمالا برای برخی "هنوز درک تصمیم تاریخی و انقلابی" آیت الله خمینی در "محاکمه عادلانه اعضای منافقین" در سال ۶۷ و "نشان دادن فهم عمیق و دوراندیشانه" او دشوار باشد.
مقامات جمهوری اسلامی اعضای سازمان مجاهدین خلق را "منافقین" می‌خوانند.
بیانیه در ادامه تصمیم رهبر وقت جمهوری اسلامی را موجب جلوگیری از وقوع "فتنه" دانست. در ادامه بیانیه نیز متن نامه عزل آیت الله منتظری توسط آیت الله خمینی از سمت قائم مقامی رهبری آمده است.
مجلس خبرگان در بیانیه خود هدف از انتشار فایل صوتی آیت الله منتظری را "ریختن آب به آسیاب دشمن" و "زیر سوال بردن اصل ولایت فقیه دانست."
فایل صوتی منتسب به آیت الله منتظری مربوط به سخنان او در جمع اعضای هیات قضایی اعدام‌های سال ۶۷ بود که ۱۸ مرداد امسال در وبسایت آیت الله منتظری منتشر شد. در این فایل، جانشین سابق بنیانگذار جمهوری اسلامی برای رهبری خطاب به اعضای هیات قضایی می‌گوید که اعدام ها بزرگترین جنایت از ابتدای جمهوری اسلامی است و تاریخ از آنها به عنوان جنایتکار یاد می‌کند.
تابستان سال ۱۳۶۷ با فرمان آیت الله خمینی، حکم اعدام بسیاری از اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق و برخی از گروه‌های چپ که در زندان بوده و حکم حبس داشتند، صادر شد. آیت الله منتظری در کتاب خاطرات خود تعداد اعدام شدگان را بین ۲ هزار و ۸۰۰ تا ۳ هزار و ۸۰۰ نفر نوشته است.
انتشار این فایل واکنش‌های متفاوتی در داخل و خارج ایران در پی داشت و احمد منتظری، فرزند آیت الله منتظری فایل صوتی را با فشار وزارت اطلاعات از روی وبسایت حذف کرد. او سپس به دادگاه ویژه روحانیت احضار شد.
اعتراض نمایندگان به علی مطهری
از سوی دیگر، در پی درخواست علی مطهری از اعضای هیات قضایی اعدام های ۶۷ برای توضیح درباره آن اعدام‌ها، ۲۰ نماینده مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای به هیات نظارت بر نمایندگان، خواستار برکناری علی مطهری از نایب رئیسی مجلس شورای اسلامی شدند.
علی مطهری در نامه ای به مصطفی پورمحمدی، وزیر دادگستری ایران و عضو هیات قضایی اعدام‌های ۶۷، از او خواست تا درباره نحوه اجرای حکم آیت الله خمینی توضیح دهد.
این نامه علی مطهری موجب واکنش برخی از نمایندگان شد که روز یکشنبه خواستار برکناری آقای مطهری از نایب رئیس مجلس شدند. برخی از نمایندگان نیز در صحن علنی مجلس شعار مرگ بر منافق سر داده و به آقای مطهری اعتراض کردند که با نوشتن نامه تصمیمات آیت الله خمینی را زیر سوال برده است.
با این حال علی مطهری اعلام کرد که قصد او "حمایت از منافقین" نبوده و تنها خواستار توضیح درباره نحوه اجرای حکم آیت الله خمینی شده است.
پیش از نامه نگاری آقای مطهری، مصطفی پورمحمدی در سخنانی در همدان گفته بود که اعضای سازمان مجاهدین "خون آشام" هستند اما عده‌ای در پی تطهیر کاذب آنها هستند.