هادی خامنه‌ای٬ برادر رهبر جمهوری اسلامی، اکبر هاشمی رفسنجانی را یکی از مدافعان «بدرفتاری» با زندانیان سیاسی در دهه ۶۰ معرفی کرد و مدعی شد که آیت‌الله خمینی با رفتارهای صورت گرفته مخالف بوده است.
سید هادی خامنه‌ای٬ برادر کوچکتر سید علی خامنه‌ای که به لحاظ سیاسی با برادر خود اختلافاتی دارد در یک گفت‌وگوی اینترنتی به بیان مسائلی جنجال‌برانگیز پرداخت که در رسانه‌های رسمی ایران هم بازتاب پیدا کرد.
به گفته آقای خامنه‌ای در سال ۱۳۶۱ و به دنبال گزارش مرتضی فهیم کرمانی٬ نماینده مجلس از «بدرفتاری» با زندانیان سیاسی٬ روح‌الله خمینی رهبر وقت جمهوری اسلامی جلسه‌ای با حضور سران و مقامات ارشد نظام تشکیل داده است.
او می‌گوید که در ابتدای جلسه آقای خمینی «خیلی عصبانی و ناراحت» بوده و در هنگام قرائت گزارش وقتی نوبت به «تعزیر» زندانیان می‌رسد٬ رهبر جمهوری اسلامی گفته است: «نگویید تعزیر بگویید جنایت».
هادی خامنه‌ای با استناد به همین موضوع استدلال می‌کند که خمینی نمی‌توانسته دستور دهنده اعدام‌های گسترده زندانیان سیاسی بوده باشد.
به گفته او اکبر هاشمی رفسنجانی و احمد خمینی (فرزند رهبر وقت) با این گزارش موافق نبوده و اعتراض می‌کرده‌اند اما در نهایت با دستور رهبر آن زمان جمهوری اسلامی قرار شده تا به جای «کابل» با «طناب» تعزیر کنند و با نظر بازجو اعمال نشود٬ بلکه مقام قضایی تصمیم بگیرد.
هادی خامنه‌ای همچنین روایت می‌کند که چندی بعد از آن جلسه به دستور مستقیم آیت‌الله خمینی مسئول رسیدگی به وضعیت زندانیان سیاسی شده و گزارش‌های خود را مستقیما به دست او برساند.
آقای خامنه‌ای اشاره‌ای به شکنجه و وضعیت ناگوار زندانیان سیاسی دهه ۶۰ نمی‌کند اما می‌گوید که با مشکلاتی مثل «تنگی جا» و «برخی اذیت‌های دیگر» رنج می‌برده‌اند. او همچنین به اجباری بودن خواندن «سرود خمینی ای امام» برای استفاده از فرصت هواخوری استفاده می‌کند و این که اسدالله لاجوردی٬ رئیس وقت زندان اوین اجازه سیگار کشیدن به زندانیان نمی‌داده است.
به گفته برادر کوچکتر رهبر فعلی جمهوری اسلامی٬ آیت‌الله خمینی در پی گزارش تهیه شده دستور به برکناری لاجوردی می‌دهد اما برخی نظر رهبر را عوض کرده و لاجوردی «یکی دو روز بعد» به سرکارش برگشته است.
هادی خامنه‌ای یکی از عوامل موثر بازگشت لاجوردی را صدا وسیمای آن زمان به ریاست محمد هاشمی٬ برادر اکبر هاشمی رفسنجانی می‌داند که با پخش فیلمی قدیمی از «شکنجه بچه‌های کمیته» برای حضور لاجوردی فضاسازی کرده‌اند.
اسدالله لاجوردی رئیس پیشین زندان اوین و دادستان انقلاب در دهه شصت بود و زندانیان سیاسی بسیاری شهادت داده‌اند که او یکی از عوامل موثر سرکوب٬ شکنجه و قتل مخالفان در سال‌های ابتدایی جمهوری اسلامی بوده است. لاجوردی در سال ۱۳۶۳ از سمت خود برکنار و در سال ۱۳۷۷ ترور شد.
در پی انتشار فایل صوتی سخنان آیت‌الله حسینعلی منتظری درباره اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ بحث بر سر شیوه رفتار جمهوری اسلامی با مخالفان دوباره بالا گرفته است. در آن فایل صوتی آقای منتظری در جلسه‌ای با مقامات حکومتی، اعدام‌های صورت گرفته را «بزرگترین جنایت» جمهوری اسلامی توصیف می‌کند.
این سخنان ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ و همزمان با اعتراض این مرجع شیعه به اعدام های آن زمان، در جمع هیات قضایی مربوطه شامل مرتضی اشراقی (دادستان)، حسینعلی نیری (حاکم شرع)، ابراهیم رئیسی (معاون دادستان)، مصطفی پورمحمدی (نماینده اطلاعات در اوین) بیان شده بود.
انتشار این سخنان واکنش تند اصولگرایان را در پی داشت. رئیس قوه قضائیه غیرقانونی و غیرشرعی بودن اعدام ها را رد کرد و مصطفی پورمحمدی وزیر دادگستری نیز گفت که به حضور در هیات قضایی آن اعدام ها افتخار می کند.
اما برخی اصلاح‌طلبان از جمله برخی اعضای خانواده خمینی به گونه‌ای واکنش نشان داده‌اند که گویا شخص آیت‌الله خمینی نقشی در این کشتار گسترده نداشته است.
