در پی انتشار گزارش‌هایی مبنی بر نقش محمدخاتمی در صدور فتوای قتل سلمان رشدی از سوی آیت‌الله خمینی، محمدعلی ابطحی صحت این ادعا را تکذیب کرد.
پس از انتشار گزارشی در شبکه جهانی بی‌بی‌سی درباره نقش محمد خاتمی، رئیس‌جمهوری اسبق ایران درباره رساندن خبر نگارش کتاب آیات شیطانی سلمان رشدی به روح‌الله خمینی، محمدعلی ابطحی که در آن زمان معاون بین‌الملل وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی بود، ادعا کرده است که این خبر را نه محمد خاتمی، بلکه علی‌اکبر محتشمی‌پور به خمینی رساند.
ابطحی، از چهره‌های اصلاح‌طلب جمهوری اسلامی، روز دوشنبه هفتم شهریور در متنی که در صفحه اینستاگرام خود منتشر کرد، نوشته، به دلیل این که در آن زمان معاون بین‌الملل وزارت ارشادی بوده که خاتمی وزیرش بود، در جریان «جزئیات خبر» بوده و علاوه بر رجوع به خاطرات مکتوبش، با محمد خاتمی نیز تماس گرفته و او «قاطعانه تکذیب» کرده است.
بنا بر گزارش شبکه جهانی بی‌بی‌سی، پیش از صدور فتوای قتل سلمان رشدی، ایران تا حد زیادی کتاب آیات شیطانی را نادیده گرفته بود. ساعاتی پیش از صدور فتوا، دو امام جماعت بریتانیایی به نام کلیم صدیقی و غیاث‌الدین صدیقی که برای شرکت در کنفرانسی به مناسبت ۱۰ سالگی انقلاب اسلامی به تهران رفته بودند و در حال بازگشت به بریتانیا بودند، در فرودگاه مهرآباد با محمد خاتمی، یکی از وزیران دولت جمهوری اسلامی ایران برخورد کردند.
در این گزارش با استناد به یک مستند بی‌بی‌سی در سال ۲۰۰۹، از غیاث‌الدین صدیقی نقل شده که محمد خاتمی که عازم دیدار با خمینی بوده، نظر کلیم صدیقی را درباره سلمان رشدی پرسیده و کلیم گفته «می‌دانی، باید اتفاق بزرگی بیافتد»، و چند ساعت بعد روح‌الله خمینی آن فتوا را صادر کرده است.
اما آقای ابطحی گفته است: «در خاطرات آن سال‌ها دیدم اولین بار در سال ۶۷ آقای محتشمی، وزیر کشور وقت، خبر چاپ کتاب را به ما در بخش بین‌الملل ارشاد رساند. گفت در پاکستان اعتراضات و تظاهراتی علیه مطالب کتاب اتفاق افتاده و حتی کشته هم داده‌اند.»
معاون وقت وزیر ارشاد در زمان صدور فتوای قتل سلمان رشدی، اضافه کرده که محتشمی‌پور عصر همان روز به دفتر آیت‌الله خمینی رفته و خبر انتشار کتاب و اعتراضات در پاکستان را به او رسانده است.
ابطحی بدون اشاره به چگونگی تهیه و ترجمه کتاب طی یک شبانه‌روز، تأکید کرده است: «پس از رسیدن خبر به دفتر امام بلافاصله با ما تماس گرفتند، دستور دادند تا فردا شب یک نسخه ترجمه‌شده از کتاب را حاضر کنیم و فتوا انتشار یافت.»