مجلس شورای اسلامی، تحت کنترل نمایندگان موسوم به اصولگرا، به وزیر پیشنهادی حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران برای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری رای اعتماد نداد.
پس از استیضاح رضا فرجی دانا در مجلس و برکناری او با رای نمایندگان، حسن روحانی محمود نیلی احمدآبادی را به عنوان نامزد وزارت علوم به مجلس معرفی کرد.
آقای روحانی که برای دفاع از وزیر پیشنهادی خود به مجلس شورای اسلامی رفته بود در سخنانی خطاب به نمایندگان گفت: «منتخب بنده آقای نیلی است، با وی صحبت کرده ام و تمام تحقیقات در مورد وی به من گفته است که لیاقت لازم را برای این مسئولیت دارد.»
با این حال محمود نیلی روز چهارشنبه از ۲۴۶ رای تنها ۷۹ رای موافق کسب کرد.
روزنامه دست راستی کیهان، پیشتر نوشته بود گزینه حسن روحانی روز چهارشنبه رای نخواهد آورد و او ادامه دهنده وزارت رضا فرجی دانا است.
محمود نیلی سومین وزیر پیشنهادی حسن روحانی برای وزارت علوم بود. نمایندگان اصولگرا قبلا از اقدامات رضا فرجی دانا برای فاش کردن پرونده موسوم به ۳۰۰۰ بورسیه غیرقانونی دوران محمود احمدی نژاد، برکناری صدر الدین شریعتی، گزینه دولت احمدی نژاد برای ریاست دانشگاه علامه طباطبایی، و بازگرداندن دانشجویان موسوم به ستاره دار و همچنین دانشجویانِ به گفته ی نمایندگان، بهایی، به دانشگاه ها خشمگین بودند.
در حال حاضر محمد علی نجفی، سرپرست وزارت علوم ایران است که پس از استیضاح آقای فرجی دانا در این سمت مشغول به کار شد.
جعفر میلی منفرد، اولین گزینه حسن روحانی برای وزارت علوم از مجلس رای اعتماد نگرفت. نمایندگان اصولگرا گفته بودند که آقای میلی منفرد از حامیان میرحسین موسوی است.