جعفر توفیقی، مشاور عالی رضا فرجی دانا و وزیر علوم دولت خاتمی هم به دنبال استیضاح فرجی دانا از وزارت علوم رفت.
خبرگزاری‌ها در ایران گزارش دادند که جعفر توفیقی با وزارت علوم خداحافظی کرده و به دانشکده شیمی دانشگاه شهید مدرس بازگشته است.
جعفر توفیقی، وزیر علوم در دوسال پایانی دولت محمد خاتمی، یکی از مشاورانی است که مجلس ایران با حضور او در وزارت علوم دولت روحانی مخالف بود. توفیقی پیش از ورود فرجی دانا به وزارت علوم، برای مدتی سرپرست این وزارتخانه بود و بعد از آن نیز به عنوان مشاور عالی فرجی دانا، در وزارت علوم باقی ماند.
نمایندگان مجلس، یکی از دلایل استیضاح فرجی دانا را حضور مدیران و مشاورانی که با ناآرامی‌های دانشگاه‌ها در سال ۱۳۸۸ در ارتباط بودند، اعلام کردند. فرجی دانا تنها در آخرین لحظه پیش از رای گیری استیضاح حاضر شده بود که مشاورانی که مورد نظر نمایندگان هستند را برکنار کند اما نمایندگان به استیضاح او رای مثبت دادند. پس از آن رئیس جمهوری ایران، محمد علی نجفی را به عنوان سرپرست وزارت علوم معرفی کرد.
از سوی دیگر، روز سه شنبه یک عضو هیات رئیسه مجلس، به رئیس جمهوری توضیه کرد که کسی که قبلا موفق نشده از مجلس رای اعتماد بگیرد را به عنوان وزیر علوم جدید به مجلس معرفی نکند.
اشاره علیرضا منادی، به محمد علی نجفی سرپرست فعلی وزارت علوم است که در آغاز به کار دولت روحانی به عنوان وزیر آموزش و پروش معرفی شد اما نتوانست از مجلس رای اعتماد بگیرد. در جلسه رای اعتماد، تعدادی از نمایندگان مجلس، نجفی را به دلیل همکاری با ستاد انتخاباتی مهدی کروبی در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸، نزدیک به «جریان فتنه» دانستند.
رهبر ایران و چهره‌های نزدیک به او ، اعتراضات خیابانی سال ۱۳۸۸ را «فتنه» می‌نامند.
این نماینده معتقد است که وزیر پیشنهادی دولت نباید چهره‌ای سیاسی باشد. او گفت: «رئیس جمهوری نباید گزینه‌های تکراری که یک بار نتوانسته‌اند رای اعتماد مجلس را بدست بیاورند به خانه ملت معرفی کند.»
این گفته عضو هیات رئیسه مجلس ایران، نشان از وجود مخالفت جدی در ماندن نجفی در وزارت علوم دارد. همزمان، اخبار غیررسمی حاکی از آن است که رئیس جمهوری ایران مشغول بررسی معرفی علی اکبر صالحی، رئیس سازمان انرژی اتمی به عنوان وزیر علوم به مجلس است. دولت ایران هنوز این موضوع را تایید نکرده است.