آیت‌الله خامنه‌ای با تاکید بر خطر "نفوذ دشمن" به انتقاد حسن روحانی درباره سوءاستفاده سیاسی و جناحی از این کلمه پاسخ داد.
به گفته رهبر جمهوری اسلامی ایران، "نفوذ جریانی و شبکه‌ای" خطرناک‌ترین روش نفوذ است که از سوی "دشمن" و به وسیله "پول و جاذبه‌های جنسی" صورت می‌گیرد.
به گزارش وبسایت رسمی آیت‌الله خامنه‌ای، او در دیدار با "دو هزار و پانصد نفر از فرماندهان بسیج" بر هشدار پیشین خود تاکید کرد و گفت: " کسانی که بسیج را به تندروی و افراط متهم می‌کنند، پروژه نفوذ دشمن را تکمیل می‌کنند."
آقای خامنه‌ای همچنین بدون نام بردن از حسن روحانی، به انتقاد او درباره سوءاستفاده سیاسی و جناحی از واژه نفوذ گفت: "می‌گویند از نفوذ استفاده جناحی کردند، خوب نکنند؛ اسم را بدون محتوای لازم مطرح نکنند و جناح‌ها همدیگر را متهم نکنند. اما اینکه بگویند افرادی می‌خواهند از نفوذ استفاده جناحی بکنند از اهمیت بحث نفوذ دشمن کم نمی‌کند. از اصل واقعیت نفوذ غفلت نشود. دشمن دارد طراحی می‌کند."
رئیس جمهوری ایران روز سیزدهم آبان ماه با انتقاد از دستگیری روزنامه‌نگاران توسط سپاه پاسداران گفته بود که "بی‌خودی نرویم یک، دو نفر را از اینجا و آنجا به بهانه‌ای بگیریم و پرونده‌سازی کنیم، بعد بیاییم این پرونده را بزرگ کنیم در کشور و بعد بگوییم این خط، خط نفوذ است و این جریان، جریان نفوذ است."
حسن روحانی تاکید کرده بود که نباید از " کلمات و واژگان" آیت‌الله خامنه‌ای "سوءاستفاده" شود.
رهبر جمهوری اسلامی و برخی مقامات ارشد در ماه‌های اخیر درباره "نفوذ" آمریکا در ایران هشدار داده‌اند. محمدعلی جعفری، فرمانده کل سپاه پاسداران نیز از "فتنه نفوذ" خبر داد و عنوان کرد که باید "جلوی برخی از کارهایی که انجام می‌شود" گرفته شود.
پس از سخنان این مقام ارشد نظامی بود که چهار روزنامه‌نگار از سوی سازمان اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی با اتهام همکاری با "دولت‌های متخاصم غربی" دستگیر شدند.