در حالی که وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه روز جمعه ششم آبان با انتشار بیانیه مشترکی نیلوفر حامدی، خبرنگار شرق، و الهه محمدی، خبرنگار روزنامه هم‌میهن، را به انتشار نخستین عکس مهسا امینی روی تخت بیمارستان و انتشار «اخبار جهت‌دار» از مراسم تشییع، تدفین و تجمعات اولیه متهم کردند، مدیران مسئول این دو روزنامه و نیز انجمن صنفی روزنامه‌نگاران استان تهران ادعای این دو نهاد امنیتی را بی‌اعتبار دانستند.
با تداوم بازداشت نیلوفر حامدی خبرنگار روزنامه شرق به دلیل نوشتن گزارشی درباره کشته شدن مهسا امینی، مدیرمسئول این روزنامه گفت که او «در همه مراحل با من هماهنگ بود.»
مهدی رحمانیان، مدیرمسئول روزنامه شرق، روز شنبه هفتم آبان در واکنش به بیانیه مشترک نهادهای امنیتی و وارد کردن اتهام «جاسوسی و آموزش» این روزنامه‌نگار «در خارج از کشور به نیت اغتشاش» اعلام کرد که خبرنگاران «کار خبری خود را کرده‌اند.»
سپاه و وزارت اطلاعات، خبرنگاران یادشده را افراد آموزش‌دیده در دوره‌های به گفته آن‌ها «رژیم مافیایی آمریکا» در کشورهای خارجی معرفی، و آن‌ها را متهم کردند که نقش منابع اولیه خبرسازی برای «رسانه‌های بیگانه» را ایفا کرده‌اند.
این اتهامات، در پی گزارش‌هایی مبنی بر این است که خانم حامدی نخستین خبرنگاری است که درباره مهسا امینی اطلاع‌رسانی کرده، در حالی که بنا به اطلاعات رسیده به بخش فارسی صدای آمریکا، نخستین تصاویر مرتبط با انتقال مهسا امینی به بیمارستان، توسط فردی که به طور اتفاقی هنگام انتقال خانم امینی در بیمارستان کسری حضور داشت، در استوری اینستاگرام منتشر شد و پس از آن نیز یک خبرنگار خارج از ایران توییتی درباره آن منتشر کرد و پس از آن گزارش‌ها در فضای مجازی منتشر شد.
آقای رحمانیان تأکید کرد: «در عجبم چگونه دو سازمان مهم امنیتی کشور وقت خود را صرف این گونه مطالب می‌کنند!»
او همچنین افزود: «هر چه درباره او (نیلوفر حامدی) می‌گویند دروغ است. ایشان اولین بار عکس مهسا امینی را منتشر نکرده و قبل از او عکس‌هایی منتشر شده بود. نیلوفر از ابتدا تا انتهای این موضوع با من هماهنگ بود. انتشار عکس و خبر توسط خبرنگار، رسالت یک خبرنگار است و اگر کسی این کار را انجام داده، وظیفه خبرنگاری خود را انجام داده است.»
غلامحسین کرباسچی، مدیرمسئول روزنامه هم‌میهن، نیز در مورد الهه محمدی، خبرنگار این روزنامه گفت: «رفتند گزارشی برای روزنامه تهیه کردند و مشابه آن گزارش نیز در خبرگزاری‌های فارس و دیگر خبرگزاری‌ها به تفصیل و با جزئیات بیشتر تهیه شده است.»
کرباسچی پیرامون ادعاهای وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه علیه خانم محمدی گفت: «غیر از این اگر موضوع دیگری است، باید اسناد و مدارک آن به دادگاه و مراجع قضایی ارائه شود. بعد از آن منتظر باشیم و ببینیم این ادعاهایی که مطرح شده به چه نتایجی خواهد رسید.»
همچنین انجمن صنفی روزنامه‌نگاران استان تهران در مورد اتهامات سپاه و اطلاعات به این دو روزنامه نگار اعلام کرد: «بيانيه مشترك دو نهاد اصلی اطلاعاتی كشور درباره تحليل رويدادهای اخير، مضمونی نداشت جز اينكه بايد روزنامه‌نگاری را جرم و ممنوع اعلام كرد، زيرا فعاليت عادی دو نفر از همكاران ما در انجام وظيفه حرفه‌ای را مصداق اتهامی قرار داده‌اند كه به معنای پايان كار روزنامه‌نگاری است.»
در ادامه بیانیه این انجمن آمده است: «اين اتهام كه همكاران ما برای آموزش بديهيات روزنامه‌نگاری به خارج از ايران رفته و در كلاس‌های روزنامه‌نگاری شركت كرده‌اند، فارغ از صحت و سقم اصل وجودی چنين برنامه‌هايی، توهين به شعور مخاطب و جامعه روزنامه‌نگاری محسوب می‌شود؛ آن هم دو روزنامه‌نگاری كه از حرفه‌ای‌ترين‌ها هستند.»
الناز محمدی، خواهر الهه محمدی نیز که خود نیز در ایران روزنامه‌نگار است، گفت که او «خبرنگار روزنامه رسمی داخل ایران است و با مجوز رسمی روزنامه، با اجازه آن و هزینه روزنامه هم‌میهن به سقز سفر کرد و گزارش‌هایش را برای همین رسانه رسمی فرستاد.»
او در توییتی تأکید کرده است: «من، دبیر گروه اجتماعی این روزنامه و همه مسئولان آن به این موضوع شهادت می‌دهیم.»
کمیته حفاظت از روزنامه‌نگاران اعلام کرده است که پس از آغاز اعتراضات سراسری جاری، دست‌کم ۴۰ روزنامه‌نگار در ایران بازداشت شده‌اند.
بازداشت این روزنامه‌نگاران واکنش‌های گسترده‌ای را در پی داشته است؛ از جمله، مهدی روزبهانی، روزنامه‌نگار، نوشته است: «در این شرایط سخت‌ترین کار روزنامه‌نگاری است، چون شما بالقوه متهمی و هیچ سندی هم براش لازم ندارند.»
اسماعیل حق‌پرست، روزنامه‌نگار، نیز «پرونده‌سازی» برای روزنامه‌نگاران در ایران را «پروژه نخ‌نمای همیشگی» توصیف کرده و گفته است: «در برابر این ماجرا و سناریوسازی سکوت نکنیم. نیلوفر حامدی و الهه محمدی تنها گزارشگر بودند و در چارچوب شغل و حرفه خودشان عمل کردند.
