یکی از معاونین شهرداری تهران با حمایت از تخلیه «خانه اندیشمندان علوم انسانی» گردانندگان کنونی این نهاد را متهم کرده است که «با یک سبک نگاه خاص و جریان محدود فکری» این مرکز را اداره می‌کنند.
امین توکلی‌زاده، معاون اجتماعی شهردار تهران، روز پنجشنبه ۱۵ تیرماه در گفتگو با خبرگزاری ایسنا، « مجموعه خانه اندیشمندان علوم انسانی» را «در اختیار یک طیف خاص از فعالان» ذکر کرد.
این در حالی است که شماری از کارشناسان حوزه علوم انسانی این اتهام را رد می‌کنند.
طاها مرقاتی، استاد حقوق سیاسی در دانشگاه تهران، به «انصاف نیوز» گفته است که «خانه اندیشمندان علوم انسانی» با تضارب آرا توانسته از نگرش‌های مختلف در کشور استفاده کند و نباید چنین فضاهایی بسته شود.
اصرار شهرداری تهران بر تخلیه این نهاد مدنی، با انتقاد کاربران و کارشناسان در شبکه‌های اجتماعی همراه شده است.
احسان بداغی، روزنامه‌نگار، «پلمب خانه اندیشمندان» را «تلاش برای خالص‌سازی کامل» از سوی نهادهای حکومتی دانست.
عبدالمجید ارفعی، پژوهشگر زبانهای باستانی، هم برای حمایت از «خانه اندیشمندان علوم انسانی» با دستگاه اکسیژن به محل این اندیشکده آمد و با نفس‌های بریده بریده به روزنامه شرق گفت: «نگذارید خانه اندیشمندان از هم بپاشد.»
محمد فاضلی، جامعه شناس، هم «تخته کردن» «خانه اندیشمندان علوم انسانی» را در راستای «تخطئه» علوم انسانی دانسته و نوشته «وقتی شما را با طالبان مقایسه می‌کنند ناراحت نشوید.»
ژاله آموزگار، استاد زبان و ادبیات فارسی، هم با اشاره به علاقه جوانان به این اندیشکده گفته است «نمی‌توانم باور کنم که چنین پایگاهی بسته شود.»
ژاله آموزگار به روزنامه شرق گفته است «آیا خردمندانه‌تر نیست که به جای بریدن درختان بارور در آبیاری آن‌ها بکوشیم و اگر نیازی به ایجاد مرکز فرهنگی دیگری هست، نهال جدیدی بکاریم؟»
مناقشه کنونی بعد از آن رخ داد که شماری از مدیران و ماموران اجرایی شهرداری تهران با «دستور شفاهی» روز سه‌شنبه ۱۳ تیرماه وارد خانه اندیشمندان شده و با تعویض قفل‌ها و بیرون کردن برخی از نیروهای این مرکز خواستار تخلیه آن شدند.
اما برخی از مسئولان خانه اندیشمندان با تاکید بر فقدان حکم قضایی و طی نشدن روند حقوقی برای تخلیه این ملک، به مقاومت ادامه داده و دو شب گذشته را در این ساختمان گذرانده‌اند.
اعضای موسسه این نهاد مدنی اعلام کرده‌اند که رسما از نمایندگان شهرداری تهران شکایت کرده و خواستار تعیین تکلیف از سوی دادستانی شده‌اند.
خانه اندیشمندان علوم انسانی اعلام کرده که در قرارداد سال ۱۳۹۳ با سازمان املاک و مستغلات شهرداری، مدت مشخصی تعیین نشده است.
