سید حسین میردامادی، استاد بازنشسته دانشگاه و دایی آیتالله خامنهای در نامهای به او، از رفتار رهبر جمهوری اسلامی در قبال اکبر هاشمی رفسنجانی و سید محمد خاتمی انتقاد کرد و خواستار رفع حصر رهبران معترضان و آزادی زندانیان سیاسی شد.
سید حسین میردامادی در نامهای سرگشاده که در وبسایت کلمه منتشر شده، به سید علی خامنهای، خواهرزاده خود یادآوری کرده که «سلسله مراتب پیشرفت» او از مشهد تا رهبری جمهوری اسلامی «همه با تاییدات و حمایت مرحوم آیتالله هاشمی رفسنجانی بوده است».
آقای میردامادی ضمن انتقاد از پیام آیتالله خامنهای برای مرگ هاشمی رفسنجانی و نمازی که بر پیکر او خوانده، « برخوردهای حذفی» در قبال افرادی چون اکبر هاشمی رفسنجانی و سید محمد خاتمی را «سم مهلکی در هاضمه انقلاب و اسیدی پاشیده بر چهره انقلاب» نامیده است.
او در پایان نامه خود آورده است: «آسیدعلی آقای عزیز! تا دیرتر از این نشده و دوران شما پایان نیافته و شیرازه امور به کل ازهمنپاشیده و مُلک و ملت از دست نرفته، مشی خود را تغییر دهید و این ناهنجاریها را جبران کنید.»
سید حسین میردامادی که پیش از این فرزندش، سراج میردامادی هم حضور در زندانهای جمهوری اسلامی را تجربه کرده از آقای خامنهای خواسته است تا با صدور «حکم حکومتی» حصر خانگی میرحسین موسوی، مهدی کروبی و زهرا رهنورد، رهبران جنبش اعتراضی موسوم به جنبش سبز را پایان دهد و زندانیان سیاسی و عقیدتی را آزاد کند.