رهبر جمهوری اسلامی ایران در دیدار با مسئولان دستگاه قضایی از قوه قضائیه خواست در مقابل تهدیدها بایستد و گفت «استقلال و تأثیرناپذیری دستگاه قضا بسیار مهم است؛ باید در برابر عوامل مخدوش کننده استقلال قضا از جمله تهدید، تطمیع، رودربایستی و فشار جو عمومی ایستاد.»
اظهارات یکشنبه شب آیت الله علی خامنه‌ای همزمان شده است با اختلافات دستگاه قضایی با آیت الله اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، رئیس جمهوری اسبق ایران.
مقام‌های قوه قضائیه، در روزهای اخیر مدعی شده‌اند در پرونده مهدی هاشمی، فرزند آیت الله رفسنجانی، بر این قوه «اعمال فشار» می‌شود.
آیت الله صادق آملی لاریجانی رئیس قوه قضائیه ایران روز یکشنبه گفت کسانی که او «اصحاب قدرت و ثروت» خواند، برای فشار به قوه قضائیه تلاش می‌کنند. یک روز پیش از آن، غلامحسین محسنی اژه‌ای سخنگو و معاون اول قوه قضاییه نیز گفته بود قوه قضائیه در پرونده مهدی هاشمی از «جهات مختلف» تحت فشار بود.
آقای رفسنجانی نیز مدعی شده است قاضی پرونده او تعویض شد تا «حکم سنگین‌تر» برای پسرش صادر شود. او به اعتراض، در مراسم یکشنبه شب حاضر نشد.
استقلال قوه قضائیه ایران بویژه در چند سال گذشته پس از انتخابات بحث‌برانگیر ۱۳۸۸، از سوی منتقدانی که آن را ابزاری در دست نهادهای امنیتی و برخی جناح‌های پرقدرت حکومتی می‌دانند، زیر سئوال رفته و به «جهت‌گیری سیاسی» متهم شده است.
رهبر جمهوری اسلامی در سخنان یکشنبه شب خود در میان مقام‌های ارشد قوه قضائیه همچنین افزایش تعداد زندانیان را «تأسف‌بار» خواند و گفت این مسئله از زوایای مختلف مالی، خانوادگی، اخلاقی و اجتماعی «هزینه‌ساز» است.
مصطفی پورمحمدی وزیر دادگستری دولت حسن روحانی، در خرداد ماه سال ۱۳۹۳ از وجود ۲۱۷ هزار و ۸۵۱ زندانی در ایران خبر داده بود.
