قوه قضاییه ایران، با انتشار اطلاعیه‌ای در پاسخ به نامه علی مطهری به صادق لاریجانی رییس این قوه، بخش‌هایی از نامه مطهری را «مشمول عنوان مجرمانه نشر اکاذیب» دانست.
روابط عمومی قوه قضاییه ایران، سه‌شنبه شب با انتشار اطلاعیه‌ای به انتقادات علی مطهری نماینده مجلس ایران از رییس قوه قضاییه پاسخ داد و ضمن رد آنها، مطالب نوشته شده در نامه علی مطهری را ناشی از بی‌اطلاعی و در برخی موارد مشمول نشر اکاذیب دانست.
علی مطهری روز شنبه در پاسخ به سخنان رییس قوه قضاییه که حکم شورای عالی امنیت ملی برای حصر خانگی رهبران معترضان سال ۸۸ را قانونی دانسته بود، به اصول قانون اساسی استناد کرده و نوشته بود که محکوم کردن افراد با مصوبه شورای امنیت ملی انحراف از قانون اساسی است.
نامه قوه قضاییه، ادعای مطهری در این مورد که محمود احمدی‌نژاد دو بار به رییس قوه قضاییه درباره حصر نامه نوشته است را رد کرد و آن را نشر اکاذیب دانست. در این نامه همچنین شک کردن علی مطهری به اصل مصوبه شورای امنیت ملی درباره حصر و اینکه این مصوبه به امضای رییس این شورا نرسیده است، «نسبت دادن کذب به رییس قوه قضاییه» عنوان شده است.
نامه قوه قضاییه همچنین استدلال مطهری به اصول ۳۴ و ۳۸ قانون اساسی که به حق دادخواهی، حق معرفی وکیل، حق رسیدگی در دادگاه صالح و بالاخره اصل برائت اشاره دارند را «بدون وجه» و بی ارتباط با مصوبه شورای عالی امنیت ملی عنوان کرده است.
در این نامه با استناد به اصول ۳۲ و ۳۳ قانون اساسی، حصر خانگی میرحسین موسوی و مهدی کروبی با مصوبه شورای امنیت ملی قانونی عنوان شده و استناد به این مصوبه را جزو استثناهایی که در قانون آمده، اعلام کرده است.
مطهری در بخشی از نامه خود نوشته بود با ترتیبی که شورای عالی امنیت ملی برای موسوی و کروبی حکم حصر صادر کرده است می‌توان هر متهمی را به زندان و حبس و اعدام نیز محکوم کرد و «این امر یعنی به بازی گرفتن قوه قضاییه و قانون اساسی». در مقابل، قوه قضاییه در نامه خود آورده که طبق اصل ۱۷۶ قانون اساسی وظیفه شورای امنیت ملی «بهره‌گیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی» توصیف شده و «حصر سران فتنه در مقام رفع یکی از تهدیدهای علیه امنیت کشور بوده است».
علی مطهری در نامه خود در پاسخ به این گفته رییس قوه قضاییه که «سران فتنه محاکمه نمی‌شوند چون می‌خواهند حرف خودشان را از تریبون دادگاه بزنند» نوشته بود که «این طبیعی است که هر متهمی می‌خواهد حرف‌هایش را به گوش مردم برساند و این حق اوست». قوه قضاییه اما در نامه خود آورده است که «اولا وظیفه دادگاه، دادرسی است، نه ایجاد تریبونی برای سخنرانی دیگران و رساندن حرف‌های خود» و ادامه داده است که مطهری «تلقی اشتباه از علنی بودن دادگاه دارد». قوه قضاییه در این بخش آورده که قانون برای انتشار مطالب دادگاههای علنی محدودیت‌هایی گذاشته است. در ادامه آورده که برگزاری دادگاه علنی هم طبق قانون در صورتی که مخل امنیت نباشد ممکن است.
قوه قضاییه همچنین این نظر مطهری که گفته بود شورای وظیفه امنیت ملی «اتخاذ تصمیمات موقت در شرایط بحرانی است» و با رفع بحران این مصوبات خود به خود لغو می‌شوند را نادرست خوانده و آن را ناشی از بی‌اطلاعی مطهری از فرایند مصوبات شورای عالی امنیت ملی دانسته است.
نامه ۲۳۰ نماینده مجلس در تایید حصر خانگی
همزمان با انتشار نامه قوه قضاییه در پاسخ به علی مطهری، ۲۳۰ نماینده مجلس ایران نیز با انتشار نامه‌ای، حصر خانگی میرحسین موسوی و مهدی کروبی را «اقدامی قانونی» دانسته و خواستار محاکمه رهبران معترضان سال ۸۸ توسط قوه قضاییه « بعد از اتمام مهلت شورای عالی امنیت ملی» شدند.
حکومت ایران، موسوی، زهرا رهنورد همسرش و مهدی کروبی را از بهمن ماه سال ۱۳۸۹ در حصر خانگی نگه داشته است. حصر خانگی آنها پس از آن رخ داد که موسوی و کروبی در پیامی خواستار راهپیمایی مردم ایران در همراهی با انقلاب‌های عربی در مصر و تونس شدند.
مقام‌های ایران به تازگی می‌گویند که این دو از آن تاریخ به بعد از مسیر اعتراض به نتیجه انتخابات و حوادث پس از آن، وارد مسیر براندازی شدند. با این وجود برخی از چهره‌های سیاسی ایران معتقدند که حصر خانگی موسوی و کروبی با تصویب شورای امنیت ملی ایران، غیرقانونی است. از جمله علی مطهری که در ادامه اعتراض‌های خود به حصر این دو نفر، روز چهارشنبه ۱۴ دیماه دستور به حصر با حکم شورای امنیت ملی و نه دادگاه را نوعی استبداد و بی‌قانونی دانست.
