رهبر جمهوری اسلامی ایران در اولین موضع‌گیری درباره موضوع بورسیه‌های غیرقانونی دولت قبل، گفت که «در موضوع بورسیه‌ها به عده‌ای ظلم شد.» این نظر آیت الله علی خامنه ای بعد از آن اعلام می شود که وزارت علوم دولت حسن روحانی از لغو حدود هزار بورسیه تحصیلی «غیر قانونی» خبر داد.
آیت الله علی خامنه ای در دیدار با برخی استادان دانشگاه های ایران به موضوع بورسیه های غیرقانونی که در یک سال اخیر وزارت علوم دولت حسن روحانی با آن روبرو بود، اشاره کرد و آن را حاشیه سازی در محیط علمی ایران نامید: «یکی از غلط‌ترین کارهایی که در این یکی دو سال اخیر اتّفاق افتاد، این مسئله بورسیه‌ها بود. اگر راست هم بود این حرف -که البتّه بعد تحقیق کردند، معلوم شد به آن شکل، راست هم نیست- آن‌طوری که روزنامه‌ها با آن بازی کردند هم نبود؛ به ما گزارشهای دقیق و بر اساس بررسی‌ها دادند. راهش این نبود که ما مسئله را روزنامه‌ای کنیم. یک تعدادی برخلاف قانون یک امتیازی به‌دست آوردند؛ راه قانونی وجود دارد؛ لغو کنند آن امتیاز را؛ سروصدا ندارد. جنجال درست کردن، حاشیه درست کردن است.»
با گذشت یک سال از ماجرای بورسیه‌های غیر قانونی، آیت الله خامنه‌ای در اولین موضع گیری در این مورد، آن را مایه ظلم به برخی افراد دانست: «این سمّ برای محیط علمی است که بایستی با آرامش کار خودش را دنبال بکند. این سم را متأسّفانه افرادی بر اساس همان پایه‌های بینش فکریِ مبنی بر سیاسی‌کاری و سیاست‌بازی به کام دانشگاه کشور ریختند؛ چرا؟ علاوه بر اینکه ظلم هم شد - به خیلی‌ها ظلم شد- هم خلاف قانون بود این کار، هم خلاف تدبیر بود این کار، هم خلاف اخلاق بود؛ آن‌وقت مدام دم از اخلاق هم میزنند. این کار اخلاقی بود؟»
بیش از یک سال پیش، رضا فرجی دانا، اولین وزیر علوم دولت حسن روحانی فاش کرد که در دولت محمود احمدی نژاد، به سه هزار نفر از وابستگان مقام های دولتی و حکومتی، بطور غیرقانونی بورسیه تحصیل داده شده است. همین افشاگری، در نهایت موجب برکناری و استیضاح رضا فرجی دانا در مرداد سال گذشته شد.
با این حال وزارت علوم در گزارش نهایی خود اعلام کرد که بعد از بررسی ۳۷۲۲ پرونده ، ۸۶۳ مورد بورس غیرقانونی لغو و حدود هزار بورسیه دیگر به جای خارج از کشور، به تحصیل در داخل کشور تبدیل شده است.
اما چه کسانی این بورس‌ها را با پارتی و اعمال نفوذ دریافت کرده بودند؟ رسانه گزارش داده بودند، نام تعدادی نماینده فعلی و پیشین مجلس و حتی فرزندان برخی از نمایندگان در میان دریافت کنندگان بورسیه بوده است.
فرزندان برخی مقام‌های نظامی مثل سپاه و مقام‌های حکومتی مثل ائمه جمعه یا نمایندگی ولی فقیه در نهادهای انقلابی و دو وزیر علوم دولت احمدی نژاد هم بی نصیب نبودند.
نام فرزندان محمد مهدی زاهدی و کامران دانشجو، در لیست «بورسیه‌های غیرقانونی» به چشم می‌خورد.
بعد از سخنرانی آیت الله خامنه ای، محمدمهدی زاهدی، وزیر علوم سابق و نماینده کنونی مجلس روز یکشنبه ۱۴ تیر واکنش نشان داده و گفته است که وزارت علوم از دانشجویان عذرخواهی کند. دولت هنوز واکنشی نشان نداده است.