حسن روحانی، رئیس جمهوری اسلامی ایران روز چهارشنبه ۱۶ دی در نامه‌ای به صادق لاریجانی، رئیس قوه قضاییه، خواستار رسیدگی فوری و خارج از نوبت به پرونده حمله به اماکن دیپلماتیک عربستان سعودی در ایران شد.
آقای روحانی در نامه خود، با اشاره به حمله و آتش زدن سفارت و کنسولگری عربستان سعودی در تهران و مشهد، از قوه قضاییه خواست با "مأمورانی که احتمالا در بروز این حادثه قصور و کوتاهی داشته اند، قاطعانه برخورد و گزارش آن را به مردم اعلام کنند."
رئیس جمهوری ایران نوشت: "افرادی که از روی نادانی و یا وابستگی به این اماکن حمله نمودند، مجرم هستند و از قوه قضائیه نیز تقاضا دارم قاطعانه و خارج از سیر طبیعی پرونده های قضایی این موضوع را بررسی نماید."
رئیس جمهوری ایران با اشاره به مصونیت دیپلماتیک، حمله به اماکن دیپلماتهای خارجی در ایران را آبرو ریزی خواند و آن را با حمله به خانه مردم تشبیه کرد.
محمدرضا یزدان‌پناه، روزنامه‌نگار در گفت‌وگو با وبسایت صدای آمریکا درباره اهمیت نامه روحانی می‌گوید: "دولت ایران در واقع تلاش می‌کند از تبعات بین‌المللی سنگین حادثه بکاهد و این پیام را هم به داخل کشور و هم به جامعه جهانی برساند که اوضاع در ایران تحت کنترل است و رشته امور از دستشان خارج نیست."
به گفته او، انتقال چنین پیامی از آنجا اهمیت دارد که می‌تواند به جامعه بین‌الملل درباره اجرای تعهدات جمهوری اسلامی درباره توافق هسته‌ای، اطمینان خاطر نسبی بدهد.
از سوی دیگر این روزنامه‌نگار تاکید می‌کند که امیدی به برخورد قضایی و جدی با آمران و عاملان این حادثه نیست؛ چون "کسانی که دستور حمله به اماکن دیپلماتیک عربستان سعودی را صادر کردند و آنهایی که این دستور را اجرا کردند، همان یا لااقل ادامه همان محافل و گروه‌هایی هستند که در تمام ۳۷ سال گذشته، به تجعمات و برنامه‌های گروه‌های منتقد نظام، دانشجویان، احزاب سیاسی، شخصیت‌های سیاسی و اجتماعی، مطبوعات و ... حمله‌کرده‌اند و به خصوص نقشی کلیدی در سرکوب جنبش سبز ایفا کردند و هرگز هم مجازات نشدند."
به تعبیر آقای یزدان‌پناه "این افراد پیاده نظام قابل اعتماد حاکمان برای روزهای مبادا و نیاز هستند. بنابراین طبیعی است که چاقو دسته خودش را نبرد."
در پی اعدام شیخ نمر، روحانی شیعه در عربستان، نهادهایی مثل بسیج دانشجویی فراخوان‌هایی برای تجمع در مقابل سفارت عربستان در تهران و کنسولگری این کشور در مشهد داده بودند.
در این تجمع‌ها، عده‌ای با عبور از دیوار سفارت و کنسولگری، ضمن آتش زدن بخش‌هایی از آن، خساراتی به بار آوردند.
در پی این اتفاقات، روز یکشنبه، عربستان روابط دیپلماتیک خود با ایران را قطع کرد. بعد از آن چند کشور دیگر از جمله بحرین و سودان روابط دیپلماتیک با ایران را قطع کردند و برخی کشورها همچون امارات، سطح رابطه را کاهش دادند.
نماینده ایران در سازمان ملل متحد در نامه ای به دبیر کل این سازمان ابراز تاسف ایران را اعلام کرد ولی شورای امنیت در بیانیه روز دوشنبه، اقدام ایران در حمله به سفارت را محکوم کرد.
در دو روز گذشته برخی کشورها از جمله آمریکا ضمن اعتراض به اعدام مخالفان سیاسی در عربستان، از ایران هم بخاطر عدم تامین امنیت اماکن دیپلماتیک انتقاد کردند. با این حال، به ایران و عربستان توصیه کردند خویشتنداری کنند.
محمدرضا یزدان‌پناه، روزنامه‌نگار: این افراد پیاده نظام قابل اعتماد حاکمان برای روزهای مبادا و نیاز هستند. بنابراین طبیعی است که چاقو دسته خودش را نبرد
سکوت ظریف شکست
محمدجواد ظریف، وزیر خارجه ایران که در پنج روز اخیر درباره تنش بین ایران و عربستان سکوت کرده بود، امروز سکوت خود را شکست. آقای ظریف در حاشیه دیدار با وزیر امورخارجه عراق، گفت ایران به دنبال تنش در منطقه نیست.
به گزارش ایرنا، وی ضمن تاکید بر اینکه "سیاست جمهوری اسلامی ایران تعامل با همسایگان است" عربستان را متهم کرد در "طول دو سال و نیم گذشته بر خلاف تلاش‌های تهران برای ایجاد تفاهم و برادری عمل کرده است."
وزیر امور خارجه ایران نیز مانند رئیس جمهوری ایران، اتفاقات مشهد و تهران را "غیر قابل قبول" دانست و وعده داد ایران با تمام افرادی که در این حوزه کوتاهی و یا قانون شکنی کردند برخورد جدی خواهد کرد.
وزیر امورخارجه ایران گفت تمام مقام‌های جمهوری اسلامی ایران این اقدامات را به شدت محکوم کردند.
آیت الله علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، هنوز موضعی در قبال حمله به سفارت عربستان نگرفته است. یک روز بعد از اعدام شیخ نمر، وی در جلسه درس مذهبی خود، گفت که عربستان تاوان این اعدام را می دهد.
بعد از حمله مهاجمان به سفارت، رهبر جمهوری اسلامی با اینکه در دیداری با ائمه جمعه حاضر بود اما درباره حمله به اماکن دیپلماتیک عربستان و همچنین قطع ارتباط این کشور سخنی نگفت.