عیسی کلانتری، از مقامات ارشد دولت‌های پیشین شایعات در مورد داشتن پرونده «جاسوسی» و یا تخلف «مالی» را رد کرد، اما تایید کرده است که پرونده‌ای مفتوح در دستگاه قضایی جمهوری اسلامی دارد.
عیسی کلانتری، معاون دولت پیشین جمهوری اسلامی و رئیس سابق سازمان حفاظت محیط زیست ایران به روزنامه «اعتماد» گفته است: در زمینه‌های «نافرمانی» برای او پرونده وجود دارد، اما «در زمینه جاسوسی و مالی پرونده‌ای ندارم.»
این مقام ارشد دولت حسن روحانی با اظهار اینکه «اکثر کارهایی» که در زمینه «محیط زیست و آب» در جمهوری اسلامی انجام می‌شود، در راستای «منافع ملی» نیست، مدعی شد: «چون من آنها را تایید نمی‌کنم» و «معترض آنها هستم»، می‌خواهند [مخالفت را] از این طریق «حذف کنند.»
این سخنان در حالی است که او پیشتر «مشاور» معاون اول رئیس‌جمهور در امور «آب، کشاورزی و محیط زیست»، در دولت‌های یازدهم و دوازدهم جمهوری اسلامی بوده و در دولت‌های مختلف چهار دهه اخیر نیز «۱۲ سال» وزیر کشاورزی جمهوری اسلامی بوده است.
برخی فعالان حوزه محیط زیست از جمله دلایل وضع موجود در این بخش را اعمال سیاست‌ها و اجرای پروژه‌های غلط حوزه آب و خاک در دوره‌های متفاوت مسئولیت عیسی کلانتری یا تداوم ساختارهای غلط و موافقت یا فرایندهای مخرب در زمان مدیریت او می‌دانند.
رئیس پیشین سازمان حفاظت محیط زیست ایران در این حال گفته است که «جاسوس‌های واقعی» کسانی هستند که قصد تخریب او و «حذف»ش را به دلیل حمایتش از آنچه «منافع ملی» در حوزه‌های محیط زیست و آب خوانده، دارند.
هفدهم دی‌ماه خبرگزاری «مهر» به نقل از سعید بابازاده، مدیرکل بازرسی امور ویژه سازمان بازرسی کل کشور که زیر نظر قوه قضائیه جمهوری اسلامی فعالیت می‌کند، نوشته بود برخی مقامات دولت روحانی، «تفهیم اتهام» شدند و ارجاع «پرونده مسئولان عالی‌رتبه» از «بازرسی» به دادسرای تهران صورت گرفته است.
برآورد شده است که پرونده اخیر او، مرتبط با فعالیت‌ها و مسئولیت‌هایش در بخش محیط زیست ایران که در شرایط بحرانی بسر می‌برد، باشد.
هم اکنون خطر خشکسالی، بحران فرونشست خاک، آلودگی شدید هوا، کاهش شدید جنگل‌ها و مراتع، زمین‌خواری گسترده، از یین رفتن گونه‌های جانوری و گیاهی در معرض انقراض و همچنین برداشت غیر اصولی از منابع زیر زمینی از جمله چالش‌های جدی پیش‌روی محیط زیست ایران است.