با وجود دخالت جدی و نقش کلیدی وزارت ورزش و جوانان جمهوری اسلامی در رویدادهای داخلی یا حضور خارجی ورزشکاران، رسانه‌ها از بلاتکلیفی دست‌کم «۱۴ فدراسیون و انجمن ورزشی» خبر داده‌اند.
بر این اساس، فدراسیون‌های «والیبال، سوارکاری، چوگان، انجمن‌های ورزشی، دوومیدانی، ترای اتلون، کونگ‌فو، شطرنج، بولینگ و بیلیارد، راگبی، آمادگی جسمانی، ورزش کارگری، بادبانی و ورزش‌های دریایی و ساحلی» تحت سرپرستی اداره می‌شوند، بلاتکلیف هستند یا حتی «سرپرست ندارند.»
خبرگزاری دولتی «ایسنا» نیز به این وضعیت آشفته واکنش نشان داده و نوشته است: «این سوال پیش می‌آید که معاونت ورزش قهرمانی وزارت ورزش چرا اجازه داده تا کارها با این همه تاخیر پیش رود و تعداد فدراسیون‌های بدون رئیس به ۱۴ برسد.»
با وجود آنکه فدراسیون‌های ورزشی (بر مبنای قوانین بین‌المللی) باید در تمامی مراحل و فرایندهای خود مستقل از نهاد دولت یا حاکمیت باشند، اما در دهه‌های اخیر بارها دولت‌های مختلف جمهوری اسلامی در تعیین رئیس فدراسیون، فعالیت فدراسیون‌ها یا ترکیب حضور ورزشکاران در رقابت‌های ورزشی، دخالت‌های مستقیم و غیرمستقیم داشته‌اند.
وزارت ورزش و جوانان جمهوری اسلامی به دلیل فعالیت‌های خارج از عرف این نهاد و دخالت‌های فراوان، بارها مورد انتقاد رسانه‌ها و ورزشکاران قرار گرفته است.
روز گذشته چهارم آذرماه این نهاد دولتی متولی ورزش ایران، همزمان با اوج‌گیری فشارها بر زنان مخالف احکام شرعی به‌ویژه حجاب اجباری، از تشکیل و راه‌اندازی یک کارگروه برای «تایید صلاحیت» مربیان مرد در ورزش زنان خبر داده بود.
از سوی دیگر، برگزاری انتخابات در برخی فدراسیون‌ها همچون کشتی و تعیین افرادی نزدیک به مقامات جمهوری اسلامی به ریاست این مجامع ورزشی نیز از دیگر نقاط پر ابهام فعالیت این وزارتخانه است.
وزارت ورزش و جوانان جمهوری اسلامی در جریان اعتراضات سراسری سال گذشته پس از کشته شدن مهسا امینی در بازداشتگاه «گشت ارشاد» پلیس نیز با ورزشکاران و یا تیم‌های ورزشی که با معترضان همراهی کردند، برخورد کرد.
مهدی رستم‌پور، کارشناس ورزشی پیش از این در ارتباط با بحث «ورود زنان به ورزشگاه‌ها» که مانند «بازی ورزشکاران ایرانی با ورزشکاران کشور اسرائیل» از جمله چالش‌های جدی چهار دهه اخیر این حوزه محسوب می‌شود و متاثر تصمیم‌های سیاسی و امنیتی حکومت ایران است، به بخش فارسی «صدای آمریکا» گفته است: فدراسیون فوتبال و وزارت ورزش در زمینه ورود بانوان به استادیوم، تصمیم گیرنده نیستند.
