در پی انتشار گزارش‌هایی درباره شلیک نیروهای مرزبانی جمهوری اسلامی به اتباع افغانستان که قصد ورود غیرقانونی به ایران داشتند، گزارشگران ویژه حقوق بشر سازمان ملل و همچنین سازمان عفو بین‌الملل خواهان تحقیقات شفاف و بی‌طرفانه در این زمینه شدند.
سازمان عفو بین‌الملل گزارش‌ها درباره «تیرباران شدن» پناهجویان افغانستانی به دست نیروهای مرزبانی جمهوری اسلامی ایران را «وحشتناک» خواند و در بیانیه‌ای خواهان تحقیقات بی‌طرفانه و مبتنی بر عدالت درباره آن شد.
همچنین، مای ساتو گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل در امور ایران، خواهان تحقیقات فوری برای شفاف‌سازی گزارش‌ها درباره کشته و مجروح شدن مهاجران پرشمار افغانستانی در منطقه مرزی کلگان سراوان در استان سیستان و بلوچستان ایران شده است.
علاوه بر این، ریچارد بنت، گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل در امور افغانستان، نیز خواهان تحقیق درباره این گزارش‌ها شده و تأکید کرده که شهروندان افغانستان در سراسر جهان «به کرامت و امنیت بیشتری نیاز دارند.»
دفتر نمایندگی سازمان ملل متحد در امور افغانستان نیز روز پنجشنبه ۲۶ مهر خواستار تحقیق درباره گزارش‌های منتشر شده در رابطه با تیراندازی به گروه بزرگی از مهاجران افغانستانی در مرز ایران و افغانستان شد.
دفتر جنوب آسیای سازمان عفو بین‌الملل روز پنجشنبه ۲۶ مهر اعلام کرد که نیروهای مرزبانی جمهوری اسلامی پس از چیرگی دوباره گروه طالبان بر افغانستان، «بارها پناهجویان افغان را که قصد ورود غیرقانونی به ایران داشتند، مورد هدف قرار داده‌اند.»
این نهاد بین‌المللی حقوق بشری خواستار «تحقیقات فوری، شفاف، مستقل و موثر» درباره گزارش‌های منتشر شده از کشتار پناهجویان افغان در مرز ایران شد و تأکید کرد: «این رویداد حق زندگی افغان‌ها را نقض می‌کند و عاملان آن باید مورد باخواست قرار گیرند.»
وب‌سایت حال‌وش که اخبار و تحولات جنوب شرقی ایران را دنبال می‌کند، روز چهارشنبه گزارش داد که بیش از ۲۰۰ پناهجوی اهل افغانستان در منطقه مرزی کلگان در سراوان استان سیستان و بلوچستان به دست نیروهای مرزبانی جمهوری اسلامی کشته یا زخمی شدند.
صدای آمریکا به صورت مستقل نمی‌تواند این آمار را تأیید کند.
این در حالی است که مقامات جمهوری اسلامی وقوع این رویداد را رد کرده‌اند و حسن کاظمی قمی، سفیر جمهوری اسلامی، در افغانستان گفته است: «در نتیجه پیگیری‌های مستقیم از طریق منابع معتبر تا این لحظه، مشخص گردید که اخبار در زمینه جان باختن ده‌ها اتباع غیرقانونی در مرز سراوان صحت ندارد.»
از سوی دیگر، روزنامه هشت صبح افغانستان به نقل از حمدالله فطرت، معاون سخنگوی طالبان نوشته که تحقیقات درباره این مسئله توسط یک گروه متشکل از «نمایندگان وزارت‌های دفاع، سرحدات اقوام، و قبایل طالبان و همچنین رییس استخبارات این گروه» ادامه دارد.
پیشتر، خبرگزاری فرانسه به نقل از مهاجران و پناهجویان افغان که از ایران اخراج و از گذرگاه مرزی اسلام‌قلعه در هرات وارد افغانستان شده‌اند، اعلام کرد که آنها توسط مسئولان جمهوری اسلامی «شکنجه و آزار و اذیت» شده‌اند.
بر اساس این گزارش، روزانه حدود سه هزار تبعه افغانستان، که برخی از آنها در ایران متولد شده‌اند، به اجبار به افغانستان بازگردانده می‌شوند.
هزاران شهروند افغانستان از زمانی که طالبان بار دیگر قدرت در این کشور را در دست گرفت، از کشور خود گریختند.
ایران میزبان چهار و نیم میلیون مهاجر و پناهجوی افغانستانی است که برای فرار از دهه‌ها جنگ و بیکاری به این کشور پناه آورده‌اند.
در سال‌های اخیر محدودیت‌ها علیه پناهجویان افغانستانی در ایران افزایش یافته است.
پیشتر خبرگزاری فرانسه در گزارشی خبر داد که مهاجران و پناهجویان افغانستانی که از ایران اخراج و از گذرگاه مرزی اسلام‌قلعه در هرات وارد افغانستان شده‌اند، می‌گویند توسط مسئولان جمهوری اسلامی «شکنجه و آزار و اذیت» شده‌اند.
