رهبر ایران موضوع فتنه را یکی از خطوط قرمز اعلام کرد و خطاب به وزیران دولت گفت که باید فاصله خود را با فتنهگران حفظ کنند.
آیت الله علی خامنه‌ای، روز چهارشنبه رهبر ایران در دیدار با اعضای دولت با اشاره به رقابت‌های سیاسی در جمهوری اسلامی، به لزوم رعایت خطوط قرمز در این رقالبت‌ها اشاره کرد گفت: «مسئله فتنه وفتنه گران از مسائل مهم و از خطوط قرمز است که آقایان وزرا باید همانگونه که در جلسه رأی اعتماد خود بر فاصله گذاری با آن تأکید کردند، همچنان بر آن پایبند باشند.»
آیت الله خامنه‌ای و نزدیکان و منصوبان او، از اعتراضات انتخاباتی سال ۸۸ با عنوان فتنه یاد می‌کنند و آن معترضان را فتنه‌گر می‌دانند.
حسن روحانی که در انتخابات ریاست جمهوری سال گذشته از پشتیبانی محمد خاتمی و اکبر هاشمی رفسنجانی، از منتقدان برخورد حکومت با متعرضان سال ۸۸، بهره می‌برد، وعده داده بود که برای رفع حصر میر حسین موسوی و مهدی کروبی تلاش کند. موسوی و کروبی، رهبران معترضان سال ۱۳۸۸، از سال ۸۹متا کنون در حصر خانگی به سر می‌برند.
در حالیکه طی یکسال گذشته اخباری از تلاش دولت برای رفع حصر از موسوی و کروبی به گوش می‌رسید، چندی پیش علی مطهری نماینده مجلس، از مخالفت صریح رهبر ایران با رفع حصر موسوی و کروبی خبر داد. این نخستین اظهار نظر آیت الله خامنه‌ای درباره دغدغه‌های اصلاح طلبان حامی روحانی بود.
رهبر ایران روز چهارشنبه در حالی از هیات وزیران خواست تا فاصله خود را، همانگونه که در جلسه رای اعتماد به مجلس اعلام کردند، با «فتنهگران» حفظ کنند که نمایندگان مجلس ایران یک هفته پیش، برخی از دلایل استیضاح وزیر علوم را ارتباط او با «فتنهگران» عنوان کرده بودند.
این توصیه رهبر ایران به دولت، می‌تواند نشان از موافقت او با رای مجلس به برکناری رضا فرجی دانا از وزارت علوم داشته باشد. نمایندگان مجلس، تعدادی از معاونان و مشاوران فرجی دانا را جزو معترضان سال ۸۸ دانسته بودند. از سوی دیگر گفته‌های رهبر ایران به دولت و یادآوری جلسات رای اعتماد وزیران، همچنین می‌تواند هشداری به وزیران باشد که در صورت نداشتن مرزبندی با چهره‌های معترض سال ۸۸، سرنوشتی مانند رضا فرجی دانا پیدا خواهند کرد.
رهبر ایران البته در ادامه سخنان خود، برخی از انتقادات از دولت را غیرمنصفانه و تند دانست اما از رئیس جمهوری خواست تا پاسخ ندهد و از این انتقادات عبور کند.
آیت الله خامنه‌ای گفت: «آقای رئیس جمهور از برخی انتقادها ناراحتند که البته در برخی موارد هم واقعاً حق با ایشان است و برخی انتقادها، تند و گاهی غیرمنصفانه هستند.»
به گفته او، دولت نیاز نیست به همه انتقادات پاسخ دهد و گاه بهتر است سکوت کند، به گفته او «اهر حرفی هم که بر ضد ما زده شود اینگونه نیست که حتماً در ذهن افراد جامعه تأثیر بگذارد و مورد قبول قرار گیرد.»
طی ماههای اخیر حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، بارها به رفتار کسانی که «تخریب‌گران» نامیده بود، به تندی انتقاد کرد. روحانی در آخرین واکنش خود، منتقدان به سیاست خارجی دولت و مذاکرات هسته‌ای را بزدل خواند و گفت که اگر می‌ترسند یک جای گرم برای خود پیدا کنند.
او سپس در مقابل انتقادات نسبت به این سخنان خود گفت که روی سخن او تخریب کنندگان دولت بوده است و نه منتقدان. روحانی گفت که تخریب‌گران دولت از اتاق فکر وارد اتاق عملیات شده‌اند.
رهبر ایران در نهایت در دیدار روز چهارشنبه خود از دولت خواست که فضای آرامش کنونی کشور را حفظ کند. او همچنین دولت را از آنچه «انتقادات مبالغه آمیز از دولت» قبل خواند، منع کرد.