سخنگوی دولت جمهوری اسلامی اعلام کرد که دولت از عاملان حمله به سفارت عربستان سعودی در تهران، شکایت خواهد کرد.
محمد باقر نوبخت، روز سه شنبه ۲۲ دی در گفت و گو با خبرنگاران بار دیگر اعدام شیخ نمر در عربستان را محکوم کرد اما افزود که از طرف دیگر دولت رفتارهای غیرمدنی و غیرقانونی را تایید نمی‌کند.
او گفت: "اتفاقی که در حمله به سفارت عربستان به وجود آمد در جهان یک چهره غیرواقعی از ملت بزرگ ایران ترسیم کرد و دولت حتما به خاطر خسارت بزرگی که عده ای در حمله به سفارت عربستان به کشور وارد کردند از عاملان این اتفاق شکایت خواهد کرد."
سخنگوی دولت ایران در پاسخ به این سوال که آیا می‌توان این اتفاق را به عوامل ماورایی ارتباط داده و پرونده آن بی نتیجه مختومه شود، گفت: "باید در ماهیت کسانی که این کار را انجام دادند و مسیر را به نفع بهره برداری عربستان عوض کردند تردید کنیم. عقل ایجاب می‌کند که انسان تردید کند که کسانی حساب شده و نفوذی این کار را انجام داده اند؛ چرا که هیچ ایرانی غیرتمندی سفارتی را که در پناه کشور ماست و خاک آن کشور محسوب می‌شود مورد حمله قرار نمی دهد البته ممکن است بعضی ها هم تحت تاثیر قرار گرفته و احساسی شده باشند."
در پی اعدام شیخ نمر، روحانی ناراضی شیعه در عربستان سعودی، شنبه شب ۱۲ دی گروهی از معترضان به این اعدام به سفارت عربستان در تهران و کنسولگری این کشور در مشهد حمله کردند. به دنبال این حمله، که در نهایت به آتش گرفتن سفارت عربستان منجر شد، دولت سعودی رابطه خود را با ایران قطع کرد. بحرین، جیبوتی و سودان نیز با تهران قطع رابطه کردند، امارات متحده روابط خود را با تهران کاهش داد و قطر و کویت نیز سفیر خود را از تهران فراخواندند.
عربستان سعودی با وجود محکومیت رسمی حمله به سفارت عربستان از سوی دولت ایران و در خواست رئیس جمهوری ایران از دستگاه قضایی برای دستگیری عاملان این حمله، طی هفته گذشته به تلاش برای محکومیت رفتار جمهوری اسلامی در منطقه ادامه داد که منجر به محکومیت ایران از سوی شورای همکاری خلیج فارس و اتحادیه عرب شد. وزیر خارجه عربستان، تهران را متهم به دخالت در امور داخلی کشورهای منطقه کرد.
سخنگوی دولت ایران در ادامه گفت و گوی خود با خبرنگاران گفت که درخواست رئیس جمهوری از قوه قضائیه برای رسیدگی ویژه به این موضوع طبیعی بود چرا که خسارت بزرگی از نظر حیثیتی به کشور وارد کرد. او افزود: "اگر لطمه اقتصادی را هم کنار بگذاریم از نظر حیثیتی خسارت به وجود آمد و چهره‌ای از ملت ما ترسیم شد که درست نیست و کشوری که باید محکوم می‌شد ما را محکوم کرد. باید جدی وقانونی با این مسأله برخورد شود و برخورد نیز به عهده مرجع قضایی است. انتظار داریم با قاطعیت بااین موضوع برخورد کند."
در پی حمله به سفارت عربستان و اعتراض به عملکرد پلیس در این حادثه، وزارت کشور معاون امنیتی استانداری تهران را برکنار کرد.