همزمان با انتشار گزارش‌های پیاپی از اخراج اساتید دانشگاه به خاطر اعتراض و انتقاد، مقامات وزارت علوم مواضع متناقضی می‌گیرند. در حالیکه یک سخنگوی وزارت علوم، اساتید اخراج شده را دارای «کنشگری مجرمانه» در «اغتشاشات» دانسته،یک مقام بازرسی وزارت علوم می‌گوید اساتید اخراجی شکایتی ندارند.
علی شمسی‌پور، سخنگوی وزارت علوم ایران در واکنش به این انتقادها و گزارش‌ها درباره اخراج اساتید، این اخبار را «کذب» و اقدامی در جهت «تخریب آموزش عالی کشور» دانست.
روزنامه اعتماد، چاپ تهران پنجشنبه نهم شهریور، در گزارشی درباره اخراج دهها تن از اساتید دانشگاه‌ها در روزهای اخیر و حدود سه هفته پیش از آغاز سال تحصیلی، از این اخراج‌ها به عنوان سیاست «يكدست‌سازی بدنه آموزش عالی» و از آن بعنوان «روزهای تلخ» برای بیش از ۱۵۰ دانشگاه ایران نام برد.
در واکنش به این گزارش، سخنگوی وزارت علوم گفت از میان فهرست منتشرشده از ۵۸ استاد اخراج‌شده، هفت تن از آنها «در اغتشاشات اخیر کنشگری مجرمانه داشتند و توسط هیات انتظامی دانشگاه مربوطه محاکمه شدند و به مدت یک تا دو نیم‌سال تحصیلی معلق شدند.»
گفته‌های سخنگوی وزارت علوم در حالی مطرح می‌شود که روز جمعه ده شهریور حامد کرمی، مدیر مدیرکل دفتر بازرسی وزارت علوم در گفتگویی با خبرگزاری ایسنا از بوجود آمدن «مشکلاتی برای اعضای هیات علمی دانشگاه‌ها» خبر داد و گفت که این افراد می‌توانند شکایات خود را به این دفتر ارسال کنند. او همچنین ادعا کرد: تاکنون شکایتی بابت اخراج یا تعلیق استادی به دفتر بازرسی وزارت علوم ارسال نشده است.
در هفته‌های اخیر خبرهای زیادی از اخراج اساتید دانشگاه در تهران و چند شهر بزرگ ایران منتشر شد.
بر اساس گزارش اعتماد، ۱۵۷ استاد در دولت‌های محمود احمدی‌نژاد، حسن روحانی و ابراهیم رئیسی، اخراج، تعليق و یا به اجبار بازنشسته شده‌اند اما از شمار اساتیدی که پس از بهمن ۵۷ و نیز به دنبال «انقلاب فرهنگی» سال ۱۳۵۹ در دانشگاه‌های ایران اخراج شدند، اشاره‌ای نشد. بر اساس گزارش‌ها، محسن برهانی، داريوش رحمانيان، آذين موحد، حسين علايی، علی شريفی‌زارچی، آمنه عالی، حميده خادمی، رضا صالحی‌اميری، رهام افغانی‌خراسكانی و محمدرضا نظری‌نژاد، وحید عیدگاه، لیلی ورهرام، جواد بشری، قاسم عزیزی، میلاد عظیمی، حسین مصباحیان و مهدی خویی، از جمله اساتیدی هستند که در دو هفته اخیر، احكام بدوی شفاهی يا كتبی ممنوعيت از تدريس و یا انفصال از تدریس دريافت كرده‌اند.
در ادامه واکنش‌ها به اخراج اساتید دانشگاه‌ها و جذب «نیروهای خودی»، کانون نویسندگان ایران در یک بیانیه با اشاره به « سرکوب روزافزون دانشگاه»، درباره «تکرار فاجعه تصفیه دهه ۶۰ دانشگاه‌ها» هشدار داد. در بیانیه این گروه که روی تلگرام منتشر شده، با اشاره به اخراج اساتید و دانشجویان آمده است: این سرکوب مداوم ادامه‌ی تلاش حکومت به قصد خاموش کردن صدای اعتراض و مقاومت دانشجویان و دانشگاهیان است؛ صدایی که از نخستین روزهای جنبش آزادی‌خواهانه‌ی اخیر بازتاب خواسته‌های مردم معترض بود و در متن وقایع به گوش می‌رسید.
همزمان با اخراج این اساتید، گزارش‌هایی از جذب چهره‌های وابسته به حکومت از جمله سجاد صفر هرندی فرزند محمدحسین صفار هرندی وزیر ارشاد دولت احمدی نژاد، امیرحسین ثابتی مجری شبکه افق صداوسیما و عباس موزون یکی دیگر از مجریان صداوسیما به عنوان استاد منتشر شد.
در پی موج جدید فشار بر دانشگاه‌های ایران برای تغییر کادر آموزشی و ورود چهره‌های سرشناس حکومتی، محمدرضا عارف از مقامات سرشناس جمهوری اسلامی که عضو هیات جذب دانشگاه صنعتی شریف است، از سمت خود به اعتراض کناره‌گیری کرد.
کاظم علمداری کاظم علمداری، نویسنده و جامعه‌شناس در گفتگو با صدای آمریکا درباره اخراج اساتید گفت: جمهوری اسلامی از آگاهی مردم می‌ترسد.