یکی از اعضای دفتر آیت‌الله خمینی در واکنش به فایل صوتی منتشر شده از آیت‌الله منتظری درباره اعدام‌های سال ۱۳۶۷، حسینعلی منتظری را "ساده لوح" نامید و مدعی شد که محتوای جلسه برگزار شده "ناقص" و پر از "تحریف" است.
محمدعلی انصاری، قائم مقام دفتر نشر آثار آیت‌الله خمینی در گفت‌وگو با وبسایت جماران، یکی از رسانه‌های این دفتر، به فایل صوتی منتشر شده از دیدار آیت‌الله منتظری با اعضای هیئت موسوم به "گروه مرگ" واکنش نشان داد و منتشرکنندگان فایل را تهدید کرد که حقایق ناگفته‌ای از "پشت پرده زندگی و خاطرات آقای منتظری" منتشر خواهد کرد.
به گفته آقای انصاری، مطالب بیان شده در این جلسه از سوی حسینعلی منتظری، "به دور از انصاف و همراه با پیش داوری" است که تحت تاثیر اطلاعات غلط "اطرافیان موذی" بوده است.
او همچنین نقش داشتن احمد خمینی، فرزند آیت‌الله خمینی در این اعدام‌ها را رد کرده و گفته که آیت‌الله خمینی در مورد زندانیان سیاسی "توصیه به رافت و رحمت اسلامی" داشته است.
در فایل صوتی منتشر شده از جلسه برگزار شده در ۲۴ مرداد ۱۳۶۷، منتظری قائم مقام وقت رهبر جمهوری اسلامی از محمدعلی انصاری نیز نام می‌برد و می‌گوید که او مانع انتقال پیام اعتراض یکی از قضات به آیت‌الله خمینی شده است. اما آقای انصاری این موضوع را نیز رد کرده است.
همزمان سید محمد موسوی بجنوردی، یکی از مدیران " پژوهشکده امام خمینی" هم صدور حکم اعدام‌ها توسط رهبر پیشین جمهوری اسلامی را رد کرده و گفته آیت‌الله خمینی تنها دستور داده بود "طبق موازین برخورد شود".
آقای موسوی بجنوردی که در زمان رهبر سابق ایران عضو "َشورای عالی قضایی" بوده، مسئولیت اعدام‌ها را متوجه مسئولان وقت می‌داند: " اگر قضات حکم اعدام دادند دیگر ربطی به امام پیدا نمی کند."