رهبر جمهوری اسلامی ایران ۶ روز پس از واقعه منا به عربستان سعودی هشدار داد "اندک بی‌احترامی به ده‌ها هزار نفر از حجاج ایرانی در مکه و مدینه و عمل نکردن به وظایف برای انتقال ابدان مطهر عکس‌العمل سخت و خشن ایران را در پی خواهد داشت."
آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی صبح چهارشنبه هشتم مهرماه در مراسم فارغ‌التحصیلی جمعی از نیروهای نظامی ایران در نوشهر خواستار تشکیل "کمیته حقیقت‌یاب" با حضور کشورهای اسلامی از جمله ایران شد و گفت که دولت عربستان به وظایف خود در قبال مجروحان حادثه‌ی منا عمل نکرده است.
حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران سفر خود به نیویورک را نیمه تمام گذاشت و به تهران بازگشت تا در مراسم تشییع قربانیان حادثه شرکت کند اما تاکنون چندین بار تاریخ انتقال اجساد به تاخیر افتاده است.
رهبر جمهوری اسلامی مشکلات به وجود آمده در این زمینه را "موذی‌گری" دولت عربستان نامید و گفت که "ایران تاکنون از خود خویشتن‌داری نشان داده و رعایت ادب اسلامی و حرمت برادری در دنیای اسلام را کرده است".
او در عین حال گفت: "دست ایران، برتر از خیلی‌ها است و امکانات بیشتری هم دارد و اگر بخواهد در مقابل عناصر اذیت‌کننده و موذی عکس‌العمل نشان دهد، اوضاع آنها خوب نخواهد بود و در هیچ صحنه هماوردی، حریف نخواهند شد".
روز گذشته دولت ایران نیز یک بار دیگر به عربستان سعودی اعتراض کرده بود. حسن روحانی در بدو ورود به ایران، مرگ زائران را ناشی از "بی تدبیری، بی مبالاتی و عدم کارایی دولت عربستان سعودی" دانست و محمدباقر نوبخت، سخنگوی دولت از عربستان به عنوان "کشور متخاصم" نام برد.
روز جمعه (دوم مهر ماه) شدت ازدحام در مراسم "رمی جمرات" در منا باعث مرگ صدها زائر حج شد.
مقامات سعودی هنوز آمار نهایی تلفات را اعلام نکرده‌اند و رقم‌های مختلفی از سوی رسانه‌ها گزارش شده است.
آخرین آمار اعلام شده از سوی سازمان حج و زیارت ایران تا روز سه‌شنبه پنجم مهر ماه حکایت از مرگ ۲۳۹ زائر ایرانی و مفقود شدن ۲۴۱ نفر دیگر دارد.