مقامات جمهوری اسلامی حتی با وجود رد صلاحیت گسترده نامزدها به وسیله شورای نگهبان، تاکید دارند که انتخابات در ایران آزاد است. در مقابل منتقدان می‌گویند انتخابات در ایران به دلایل مختلف، از آزادی لازم برخوردار نیست.
در سال ۱۳۸۴ اغلب نظرسنجی‌ها نشان می‌داد که انتخابات به دور دوم خواهد رفت. آن انتخابات را دولت محمد خاتمی برگزار کرد و در مرحله نخست، اعلام شد که محمود احمدی نژاد به همراه اکبر هاشمی رفسنجانی به دور دوم انتخابات رفته‌اند. مهدی کروبی خشمگین از این نتایج مدعی شد که در نتایج دور اول دستکاری شده و آرای او با محمود احمدی نژاد عوض شده است. او حتی مدعی شد که در این تغییرات بسیج و نهادهای زیر نظر رهبر و فرزند او مجتبی خامنه‌ای نقش داشته‌اند. محمود احمدی نژاد یک هفته بعد، با اختلاف پیروز انتخابات دور دوم شد.
در سال ۱۳۸۸ نیز شمارش و نتایج آرا با مناقشه همراه بود. تنها چند ساعت بعد از برگزاری انتخابات در ۲۲ خرداد ۸۸، ناگهان وزارت کشور دولت محمود احمدی نژاد او را پیروز انتخابات معرفی کرد. حامیان موسوی و کروبی به این نتایج اعتراض کردند و درگیری حکومت و معترضان تا ماه‌ها ادامه داشت.
محسن سازگارا، فعال سیاسی و تحلیلگر مسائل ایران، معتقد است که آیت الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، مهندسی انتخابات را از چند طریق انجام می‌دهد.
آقای سازگارا، که خود او نیز در انتخابات سال ۱۳۸۰ نامزد و رد صلاحیت شده بود، می‌گوید در گام نخست شورای نگهبان بعد از بررسی نامزدها فهرست آنها را نزد خامنه‌ای می‌برد تا او در نهایت اجازه دهد که چه کسی تأیید و چه کسی رد صلاحیت شود. آقای سازگارا با بیان این که خامنه‌ای نه تنها در انتخابات ریاست جمهوری بلکه در انتخابات مجلس نیز چنین عمل می‌کند، به رد صلاحیت سه هزار نفر در انتخابات مجلس هفتم اشاره کرد، و گفت، در شرایطی که خامنه‌ای شخصاً نامزدها را نشناسد، دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی به او گزارش می‌دهند.
به گفته آقای سازگارا، این نخستین قدم در مهندسی انتخابات است که یک گروه را دست‌چین می‌کنند تا مردم از میان آنها فرد یا افرادی را انتخاب کنند.
مرورگر شما HTML5 را پشتیبانی نمی کند
محسن سازگارا: خامنه‌ای، بیت او و دستگاه اطلاعاتی انتخابات را مهندسی می‌کنند
این تحلیلگر مسائل سیاسی می‌گوید، در گام دوم، برگزارکنندگان انتخابات یاد گرفته‌اند برای انتخابات عدد بسازند و در اتاق تجمیع آرای وزارت کشور، نتایج را تنظیم کنند. آقای سازگارا از انتخابات سال ۸۸ به عنوان نمونه‌ای از این عددسازی یاد می‌کند که طی آن، آنها «از یک شب تا صبح آمدند و عدد ساختند و صبح هم اعلام کردند آقای احمدی نژاد با ۶۳ درصد برنده شده» است، آن هم در حالی که برای نمونه، هنوز کل صندوق‌های رای استان خوزستان در فرودگاه اهواز بود.
آقای سازگارا سومین کار برای مهندسی انتخابات را اعزام افراد برای اعمال نفوذ در انتخابات می‌داند. او می‌گوید که آنها ۱۲هزار «راهبران سیاسی از سپاه و بسیج» تشکیل می‌دهند در انتخابات شوراها به شهرها اعزام می‌کنند. وی هدف از این کار را یافتن کاندیداهای خودی و اعمال نفوذ در حوزه‌های انتخاباتی دانست.
برگزاری و اعلام نتایج انتخابات ریاست جمهوری در ایران، دست‌کم در دو دهه اخیر، با اعتراضات و مناقشه‌های گسترده‌ای همراه بوده است.