همزمان با انتشار گزارش‌ها در مورد افزایش مهاجرت و «فرار مغزها» از ایران، رهبر جمهوری اسلامی از روند مهاجرت نخبگان انتقاد کرد و برخی افراد در دانشگاه‌ها را «عناصری» دانست که به گفته او جوانان را نسبت به آینده مایوس و «به ترک کشور تشویق می‌کنند.»
آیت‌الله علی خامنه‌ای روز چهارشنبه ۲۶ آبان در دیدار با گروهی از «نخبگان جوان و استعدادهای برتر علمی» گفت: «در بعضی از دانشگاه ها عناصری هستند که جوان نخبه را تشویق می کنند به ترک کشور، من صریح می گویم این خیانت است، این خیانت است، این دشمنی با کشور است، دوستی با آن جوان هم نیست.»
وب‌سایت تجارت‌نیوز روز پانزدهم شهریور بر اساس تازه‌ترین آمارهای «رصدخانه مهاجرت ایران» گزارش داد که «۳۷ درصد از دارندگان مدال در المپیادهای دانش‌آموزی، ۲۵ درصد از مشمولان بنیاد نخبگان و ۱۵ درصد از رتبه‌های زیر هزار کنکور سراسری مقیم کشورهای دیگر هستند.»
همچنین خبرگزاری تسنیم آذر ماه سال گذشته نوشت روزانه ۲۰ فارغ‌التحصیل دانشگاهی و نخبه علمی از کشور مهاجرت می‌کنند.
تجارت‌نیوز هم در این ارتباط نوشته است: «در بین ۹۸ کشوری که نخبگان خود را با مهاجرت از دست می‌دهند، ایران جزو کشور‌ها با بالاترین آمار‌ها قرار دارد.»
انتقاد آیت‌الله خامنه‌ای از روند مهاجرت نخبگان از ایران در شرایطی است که شیوه رهبری او در سه دهه گذشته از نگاه بسیاری از منتقدان زمینه‌ساز نارضایتی در میان شهروندان و به ویژه جوانان بوده است.
اعمال محدودیت‌های سیاسی، اجتماعی، و فرهنگی توسط حاکمیت، در کنار چشم انداز مبهم اقتصادی از جمله عواملی هستند که به باور کارشناسان به افزایش مهاجرت از ایران دامن زده است.
چهارده تن از فعالان سیاسی و مدنی ایران خرداد ماه سال ۱۳۹۸ با انتشار بیانیه‌ای خطاب به خامنه‌ای خواستار استعفای او و تغییر قانون اساسی ایران شدند. آنها گفتند که قانون اساسی کنونی مجلسی فرمایشی، دولتی بی‌اختیار، و قوه قضائیه‌ای غیرمستقل ایجاد کرده است. اواسط مرداد ماه همان سال نیز ۱۴ تن از زنان کنشگر مدنی با توجه به نابرابری‌ها و مشکلات زنان در ایران، با انتشار نامه‌ای خواستار عبور از جمهوری اسلامی و تدوین قانون اساسی جدید شدند.
مقام‌های امنیتی جمهوری اسلامی، امضاکنندگان این نامه‌ها را به تلاش برای «طراحی فتنه جدید» متهم و بسیاری از امضاکنندگان این دو نامه را بازداشت کردند.