جمعی از فعالان سیاسی و پژوهشگران دینی ایرانی که از آنها با عنوان "نواندیش دینی" نام برده می‌شود، با انتشار بیانیه‌ای درباره اعدام شیخ نمر، روحانی منتقد عربستان واکنش نشان دادند.
این پژوهشگران دینی در این بیانیه توضیح داده‌اند که اعدام شیخ نمر اگرچه "ستمگرانه"، و مغایر با اسلام و حقوق بشر است اما جمهوری اسلامی ایران به عنوان "حکومتی که خود ناقض حقوق اقلیت‌های مذهبی و قومی است و حق دگراندیشی را در هیچ عرصه‌ای به رسمیت نمی‌شناسد و دگراندیشان مذهبی و غیر مذهبی را سرکوب می‌کند، نمی‌تواند معترض همین رفتار از ناحیه دولت‌های دیگر باشد."
این بیانیه را جواد اکبرین، عبدالعلی بازرگان، تقی رحمانی، رضا علیجانی، حسن فرشتیان، مرتضی کاظمیان، تقی کروبی، مهدی ممکن و حسن یوسفی‌اشکوری امضا کرده اند.
امضا کنندگان این نامه همچنین ابراز امیدواری کرده‌اند که "حکومت ایران با اتخاذ رفتار عادلانه با اقلیت‌های مذهبی در کشورمان، الگوی رفتاری مناسبی را برای دیگر جوامع اسلامی ارائه دهد."
