اقلیت‌های دینی و قومی طی چهار دهه حکومت جمهوری اسلامی در ایران با محدودیت، تبعیض، سرکوب و برخوردهای امنیتی و قضایی روبرو بوده اند.
در حالیکه پیش از انقلاب پیروی از دین و مذهبی خاص یا تعلق به قومیت‌های مختلف در ایران در حقوق فردی و اجتماعی افراد تاثیری نداشت، این معیارها پس از انقلاب نه تنها موجب نقض برخی حقوق، که حتی موجب زندانی شدن یا اعدام افراد شد.
قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران برخی ادیان ابراهیمی را به رسمیت شناخته اما موارد مشخصی از نقض حقوق پیروان این ادیان در این چهاردهه دیده می شود.
از مهمترین موارد برخورد با اقلیت‌های مذهبی در ایران در همان ماه‌های اولیه پس از انقلاب، اعدام «حبیب الله القانیان» سرمایه دار یهودی و رئیس جامعه کلیمیان تهران بود که به اتهام مراوده با افرادی در اسرائیل فورا محاکمه و اعدام شد. اعدام آقای القانیان موجب شد که سنای آمریکا نخستین قطعنامه حقوق بشری علیه جمهوری اسلامی را تصویب کند.
برخی از چهره های جامعه یهودی اعدام آقای القانیان را عامل خروج بسیاری از اعضای جامعه یهودی در ایران دانستند.
زرتشتی ها و مسیحیان نیز پس از انقلاب با مشکلات زیادی روبرو شدند. اگر چه قانون اساسی جمهوری اسلامی به پیروان این ادیان نیز همچون یهودیان اجازه داده است که به آداب دینی خود را به جا آورند، اما پیروان این ادیان اجازه ندارند درباره دین خود در جامعه صحبت یا تبلیغ کنند. علاوه بر این، قوانین اسلامی نیز در برخی موارد حقوق اقلیت های دینی را زیر پا می گذارد؛ از جمله قوانینی نظیر ادای شهادت یا گرفتن دیه.
در قانون مجازات اسلامی، برای مجازات قاتل، اگر مقتول مسلمان باشد قصاص در نظر گرفته شده و اگر غیرمسلمان باشد دیه در نظر گرفته می‌شود. همچنین شهادت فرد غیرمسلمان درباره فرد مسلمان پذیرفته نمی‌شود.
زرتشتیان، یهودیان و مسیحیان در ظاهر فقط امکان استخدام در ارتش را ندارند، اما در واقع گرفتن شغل یا پست دولتی و نظامی برای آنها غیرممکن است و در مراحل گزینش تایید نمی‌شوند.
حتی در مواردی، نهادهای حکومتی برای انتخاب افراد زرتشتی در شورای شهر مشکل آفرینی کردند؛ مانند برخورد با سپنتا نیکنام، عضو شورای شهر یزد، که نشان از تفکر حاکم بر نهادهای به شدت سنتی در جمهوری اسلامی دارد.
در مورد دیگری نیز «کارن وفاداری» از زرتشتیان بازداشت شده که بیشتر اموال و دارایی‌هایش نیز مصادره شده است در نامه ای به همکیشان خود نوشت که انتظار نداشته باشند حقوق شهروندی شان توسط جمهوری اسلامی رعایت شود.
این تبعیض‌ها در مورد اقلیت سنی نیز مصداق دارد. اگر چه مقام های جمهوری اسلامی در سخنرانی ها و شعارها بر برابری و برادری مسلمانان شیعه و سنی در ایران تاکید می‌کنند اما در واقع برخوردهای تبعیض آمیز در مورد اهل سنت تا حدی است که پیروان آن حتی از داشتن یک نمازخانه در تهران محروم هستند.
در سال‌های اخیر مولوی عبدالحمید، امام جمعه اهل سنت زاهدان بارها از تبعیض نسبت به اهل سنت انتقاد کرده است. او حتی در یک مورد نسبت به اعدام عجولانه زندانیان اهل سنت ابراز نگرانی کرد. پیروان اهل سنت از اینکه مدیران استانی در مناطق سنی نشین از میان اهل سنت انتخاب نمی‌شوند، انتقاد می‌کنند.
وضعیت جامعه بهایی در ایران بدتر از تمام اقلیت های دینی و مذهبی است. مقام‌های حکومت ایران که از بهائیان به عنوان «پیروان فرقه ضاله» یاد می کنند، از سال های اول انقلاب برخورد با بهائیان را آغاز کردند.
بهائیان، به جز مقاطعی، از ادامه تحصیل در دانشگاه محروم می شوند مگر اینکه پیروی از بهائیت را مخفی کرده یا رد کنند.
آنها طی چهار دهه با مصادره اموال، از دست دادن کسب و کار، تهدید برخورد قضایی و زندان و اعدام روبرو بوده اند. فشارها بر جامعه بهائی در سال های اخیر افزایش یافته به طوری که انتقاد دیدبان حقوق بشر را در پی داشته است.
فشار بر اقوام ایرانی
علاوه بر اقلیت‌های دینی، اقلیت های قومی چون اعراب و کردها نیز طی چهار دهه گذشته با تبعیض، محدودیت و برخوردهای امنیتی از سوی جمهوری اسلامی روبرو بوده‌اند.
این اقلیت ها در بسیاری موارد از داشتن پست های دولتی در استان های خود محروم هستند و فعالان مدنی آنها به بهانه‌هایبرخوردهای امنیتی روبرو می شوند.
آزار و اذیت اقلیت‌های دینی در ایران بارها واکنش نهادهای مدافع حقوق بشر و دولت ایالات متحده را در پی داشته است.
در یکی از آخرین اقدامات، در بخشی از گزارش آزادی مذاهب وزارت خارجه آمریکا در سال ۲۰۱۸ به نقض حقوق مسلمانان از جمله سنی ها اشاره شده و در مثالی آمده است که ۱۲۰ مسلمان سنی در زندان هستند و ۲۲ نفر اعدام شده اند.
در این گزارش درباره پیروان آئین بهائی آمده است که فشار جمهوری اسلامی ایران بر آنها ادامه دارد. پیروان آئین بهائی قربانی تبعیض، زندان و بازداشت هستند.
درباره مسیحیان آمده است، از سال ۲۰۰۰ مسئولان ایرانی بیش از شش هزار مسیحی و نوکیش را بازداشت کرده اند. هشتاد مورد از بازداشت ها بین ماه مه تا اوت ۲۰۱۶ در ایران بود.
در گزارش وزارت خارجه آمریکا به موارد نقض حقوق بشر یهودیان، زرتشتیان و درویشان نیز اشاره شده است.
این فشارها بر اقلیت های مذهبی و قومی ایران موجب مهاجرت گسترده پیروان و اعضای آنها به خارج از ایران شده است در حالیکه تا پیش از انقلاب داشتن باور مذهبی متفاوت یا تعلق به یک اقلیت قومی، مشکلی از سوی حکومت برای افراد ایجاد نمی کرد.
