حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران طی نامه‌ای به وزرای اطلاعات و کشور دستور شناسایی و عاملان حمله به مطهری در شیراز را داد.
رییس جمهوری ایران در نامه‌ای که روز یکشنبه منتشر شده است، دستور داده ضمن پیگیری، «قانون شکنان و عوامل پشت پرده» شناسایی شوند و همچنين مسئولان امنيتی استان فارس که در اين ماجرا تقصير داشته‌اند، تحت تعقيب قانون قرار گيرند.
در متن این نامه آمده است: « فورا دستور دهید هر دو وزارتخانه، عوامل شرور، ناقض قانون و دشمن‌شادکن و همچنین نیروهای حامی و آمر پشت پرده را شناسایی کنند و جهت اجرای عدالت به قوه قضائیه بسپارند.»
هفته پیش، علی مطهری، نماینده تهران برای سخنرانی در دانشگاه به شیراز سفر کرد اما در فرودگاه با هجوم نیروهای لباس شخصی مواجه شد. این نیروها با سنگ، آجر و اسپری فلفل به خودروی حامل او حمله کردند.
روز یکشنبه، استاندار فارس از شناسایی عوامل حمله به مطهری خبر داد با این حال، خبرگزاری دولتی ایرنا، بازداشت آنها را تکذیب کرده است.
همزمان با اینکه روحانی از اراده خود برای برخورد با عوامل حمله به مطهری گفته است، نهادهایی چون بسیج و سپاه در مقام تکذیب در دخالت در این حمله بر آمده‌اند.
علی مطهری به طور ضمنی حضور نیروهای سپاه و بسیج در حمله به خود را تایید کرده بود اما امروز، یکشنبه، فرمانده سپاه شیراز گفته «ما با سنگ پرانی به مطهری مخالفیم.» یا در تهران، حمید رسایی، نماینده تندرو گفته «حمله به مطهری کار حزب الله نبود».
علی مطهری همچنین انگشت اتهام را به سوی، اسدالله ایمانی، امام جمعه شیراز نشانه رفته است. مطهری روز شنبه پس از سخنرانی امام جمعه شیراز که تلویحا از این حمله دفاع کرد، در نامه‌ای به امام جمعه شیراز، او را متهم ردیف اول حمله به خود دانست.
برخی موضع گیری‌های مطهری در مخالفت با حصر خانگی مهدی کروبی و میرحسین موسوی، خشم محافظه‌کاران نزدیک به رهبر ایران را برانگیخته است.
در حالیکه واکنش‌ها به حمله به علی مطهری ادامه دارد، مصطفی ترک همدانی، وکیل این نماینده مجلس با انتشار عکسی از تهدید خود خبرداده است. روی خودروی پارک‌شده وکیل مطهری با اسپری نوشته اند، «اخطار اول»
