حسینعلی نیری که از او به عنوان عضو «هیئت مرگ» در اعدام‌های سال ۶۷ نام برده می‌شود برای اولین بار در گفت‌وگویی با مرکز اسناد انقلاب اسلامی در مورد این اعدام‌ها اظهارنظر کرده و با بیان این که «وضع مملکت بحرانی بود» می‌گوید اگر «قاطعیت» روح‌الله خمینی نبود، «امنیت» نداشتیم و «شاید اصلا نظام نمی‌ماند.»
نیری، رئیس فعلی دادگاه انتظامی قضات که در قوه قضائیه جمهوری اسلامی در منصب‌های مختلف از جمله به‌عنوان «حاکم شرع» حضور داشته، با بیان این که «در آن ایام روزی ۵۰ - ۶۰ تا ترور در تهران و شهرهای دیگر اتفاق می‌افتاد» افزوده است: «آن که دادگاه را اداره می‌کند و مسائل در دستش است باید مسئله را جمع کند. در این شرایط که نمی‌شود با "قربانت بروم و فدایت بشوم" کشور را اداره کرد!»
مستندات حاکی از آن است که هزاران زندانی سیاسی در تابستان سال ۶۷ در زندان‌های اوين و گوهردشت کرج و نیز زندان‌های برخی شهرهای دیگر مانند مشهد و شیراز توسط گروهی که بعدها «هیات مرگ» نام گرفتند، محکوم به اعدام شدند.
از حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، ابراهیم رئیسی، و مصطفی پورمحمدی به عنوان اعضای اصلی هیات مرگ نام برده شده است. همچنین گفته می‌شود این اعدام‌ها بر اساس نامه یا دستور آیت الله خمینی، بنیان‌گذار جمهوری اسلامی، انجام شده است
در جریان بیست و پنجمین جلسه دادگاه حمید نوری، متهم به مشارکت در اعدام های تابستان ۶۷ که روز پنجشنبه ۱۵ مهر سال گذشته برگزار شد، مجید جمشیدیت، یکی از نجات یافتگان آن اعدام ها در مورد حسینعلی نیری گفت نیری در حالی حکم ده سال حبس او و اعدام یک زندانی به نام مجید کوچک پور را صادر کرد که پای تلفن در حال خرید برنج بود.
محمد محمدی گیلانی و حرف‌های خدا
گفت‌وگوی حسینعلی نیری همچنین روایتی است از زندگی محمد محمدی گیلانی، حاکم شرع و رئیس دادگاه‌های انقلاب اسلامی پس از صادق خلخالی.
نیری با اشاره به نقش محمدی گیلانی در اعدام‌های سال‌های اول انقلاب ۵۷، با بیان این که «اول انقلاب بود، جو جامعه متلاطم بود» و «مردم توقع داشتند گروه گروه اعدام کنیم»، می‌گوید: «کراراً دیدم ایشان از جیب خود به آنها پول می‌داد. خیلی مهم است! یک حاکم شرعی که در مسند قدرت نشسته و دارد محاکمه می‌کند و می‌خواهد حکم اعدام یا حبس طرف را امضا کند، وقتی می‌دید احتیاج به پول دارد به او پول هم بدهد. این برای من خیلی شیرین بود.»
نیری درباره احتمال پشیمانی محمدی گیلانی از احکامی که صادر می‌کرد، تأکید می‌کند: «کسی دقت کند و دادگاه را درست اداره کند پشیمانی ندارد که. بر فرض اعدام بوده حقش بوده ... آن کسی که خالق و مالک و قانونگذار ماست، او گفته این جا باید اعدام کنی؛ من چه بگویم؟ بگویم نباید بکشی؟ آنجا عمل فحشا انجام داده، خدا گفته صد ضربه شلاق باید بخورد؛ من بگویم دلم می‌سوزد و نباید شلاق بخورد؟ آن که خدای ماست گفته بزن؛ من چه کاره‌ام بگویم نزن؟!»
او با اشاره به عضویت دو تن از فرزندان محمدی گیلانی در سازمان مجاهدین، تأکید می‌کند که آنها «در درگیری‌ها کشته شده بودند» اما «شایعه شده بود که ایشان حکم اعدام بچه‌هایش را داده» و «عده‌ای می‌خواستند از این موضوع سوءاستفاده کنند و بگویند ایشان این قدر آدم قسی‌القلبی است که حکم اعدام بچه‌هایش را داده»، اما او می‌گفت «من اجازه ندارم حتی برای این‌ها گریه کنم که فردای قیامت خدا به من بگوید برای این بچه منافق چرا گریه کردی؟»
نیری در خصوص محاکمه مجدد و اعدام زندانیان سیاسی که در حال گذران حبس بودند، ادعا می‌کند که آنها «در فضای زندان باز هم انسجام خودشان را داشتند» و «تشکیلات جدیدی هم درون زندان به وجود آورده بودند» و «از راه‌هایی که می‌دانستند، از بیرون اطلاعات کسب می‌کردند. جو زندان دستشان بود و لذا توطئه‌های جدید در کار بود.»
او در شرح آنچه «توطئه‌های جدید» می‌خواند، می‌گوید: «یعنی عناد خودشان را می‌خواستند ادامه بدهند. این‌ها می‌گفتند ما ضرر اقتصادی به نظام بزنیم. سیم تلفن را قطع کنیم. لامپ را بشکنیم.»
سازمان دیدبان حقوق بشر روز چهارشنبه ۱۸ خرداد با انتشار یک گزارش تفصیلی، اعدام‌های دسته‌جمعی سال ۶۷ در ایران را مصداق «جنایت علیه بشریت» دانست و خواستار محاکمه همه عاملان و آمران آنها از جمله ابراهیم رئیسی شد.
این نهاد مدافع حقوق بشر نوشته است که «هزاران زندانی سیاسی در سال ۶۷ به دستور روح‌الله خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران٬ به صورت «شتابزده»، «فراقانونی»، و «نظام‌مند» اعدام شدند.»
در این پژوهش آمده است که تعداد دقیق اعدام‌‌شدگان سال ۶۷ معلوم نیست، اما برآوردهای مدافعان حقوق بشر و اپوزیسیون نشان می‌دهد که در تابستان آن سال بین دو هزار و هشتصد تا پنج هزار نفر در دست‌کم در ۳۲ شهر ایران اعدام شدند.
