۴۴ سال از شکل‌گیری حکومت اسلامی در ایران می‌گذرد. حکومتی که به‌رغم آنچه آیت‌الله خمینی از روزهای نخست وعده می‌داد، همچنان از بدیهی‌ترین اصول آزادی و دموکراسی شانه خالی می‌کند. مستند «خدعه» روایتی است از روند تناقض‌آمیزی که آیت الله خمینی، از زمان اقامتش در فرانسه تا هنگامی که به عنوان ولی فقیه بر جایگاه رهبری نشست طی کرد.