جلسه دوم محاکمه حمید نوری، متهم به مشارکت در اعدام‌های تابستان ۶۷ در روز چهارشنبه ۲۰ مرداد، با درخواستی از سوی شاکیان آغاز شد. این سوال به خاطر نوع برخورد وکلای حمید نوری نسبت به موضوع دیه مطرح شده است. از آن جا که وکلای حمید نوری در نخستین جلسه دادگاه اظهارنظر درباره پرداخت دیه به برخی از شاکیان و بازماندگان اعدام‌شدگان را به بعد موکول کردند، جلسه روز دوم با درخواست شاکیان و طرح این پرسش آغاز شد که دادگاه به چه نوع مدارکی در ارتباط با درخواست دیه نیاز دارد.
دادگاه در پاسخ اعلام کرد که دادستان باید به طور دقیق و کامل نسبت به موضوع دیه در قوانین ایران تحقیق و گزارش کاملی را همراه با نظر کارشناسان حقوقی به دادگاه تسلیم کند. دادگاه مایل است تا از حق استفاده و یا نحوه صحیح استفاده از قوانین دیه در ایران در محاکمه حمید نوری اطمینان کامل پیدا کند و از آن جا که تهیه این گزارش کاری حساس و زمان‌بر خواهد بود، دادگاه شرط زمانی برای تسلیم این گزارش مشخص نکرد.
در روز دوم دادگاه عملیات فروغ جاویدان همچنان در مرکز توجه دادستان قرار داشت. دادستان پس از توضیح کوتاهی در مورد این عملیات گفت ادعای نخست ما آن است که حمله مجاهدین قسمتی از جنگ مسلحانه بین ایران و عراق بوده که مجاهدین هم در آن شرکت داشته‌اند. عملیات فروغ جاویدان یک حمله نظامی بین‌المللی است و در زمان اعدام‌های دسته‌جمعی هم در جریان بوده است.
نکته مهم دیگر صدور فتوای آیت‌الله خمینی بلافاصله بعد از عملیات فروغ جاویدان بود. در این جلسه فتوای آیت‌الله خمینی به طور کامل قرائت و بررسی شد و دادستان ادعا کرد که بین درگیری مسلحانه، اعدام‌های از قبل برنامه‌ریزی شده و این فتوا رابطه منطقی وجود دارد. دادستان معتقد است که زندانیان سیاسی ایران همگی تابعیت ایران را داشته‌اند و از نظر قانونی هیچ رابطه‌ای با طرفین دعوا نداشته‌اند و در این درگیری‌های مسلحانه شرکت نکرده‌اند. اما از نظر ایران و بر اساس فتوای رهبر مذهبی آن دشمن به حساب می‌آمدند و باید اعدام می‌شدند. در مورد اعدام‌شدگان وابسته به گروه‌های چپ هم گفته شد که برای آنها نیز هیچ دادگاهی تشکیل نشد. این گروه نیز مانند مجاهدین اعدام‌شده، از قبل حکم‌های خود را گرفته بودند.
اعدام این افراد از نظر دادستان «قتل عمد» نامیده شد.
در روز دوم دادگاه حمید نوری، به شخصیت و نقش آیت‌الله منتظری نیز به اختصار اشاره شد. دادستان گفت منتظری انسان عادل و وفادار به آیت‌الله خمینی بود. او به عنوان جانشین خمینی در نظر گرفته شده بود، اما با راه و شیوه انقلاب مخالف بود. منتظری اعدام‌های سال ۶۷ را نقض حقوق بشر می‌دانست و در جلسه‌ای که نوار ضبط شده آن موجود است، رفتار هیئت مرگ و علت و شیوه برخورد با زندانیان را به شدت محکوم کرده بود.
یکی از نکات مهم مطرح شده در جلسه روز دوم توضیح دادستان درباره نحوه برنامه‌ریزی و دستگیری و بازداشت حمید نوری بود. گفته‌های دادستان موارد مطرح شده توسط ایرج مصداقی را به عنوان مهره کلیدی در بازداشت نوری مورد تایید کامل قرار داد. دادستان تایید کرد که اولین بازجویی‌ها از ایرج مصداقی و حمید اشتری، دو زندانی پیشین، گرفته شده و در زمان شروع بازجویی‌ها ۹۴ شاکی در پرونده وجود داشته‌اند.
در این جلسه بارها نام ایران تریبونال و مادران خاوران نیز شنیده شد، کسانی که به نظر دادستان، دادخواه بستگان اعدام شده خود بودند. به شهادت پیام اخوان که به عنوان دادستان در تریبونال کار می‌کرده، اشاره شد. دادستان گزارش جفری رابرتسون، شامل شهادت ۳۰ نفر را که بر اساس سفارش بنیاد عبدالرحمان برومند تهیه شده، گزارشی مستقل و باکیفیت خواند.
در بین مدارک از کتاب های نوشته شده توسط ایرج مصداقی، محمود رویایی، حسین فارسی و مهدی اصلانی نیز یاد شد. در این جلسه در مورد شخص حمید نوری، خانواده و سوابق کاری و سربازی او صحبت به میان آمد. عکس‌هایی که از تلفن همراه حمید نوری در اختیار دادستان قرار گرفته نیز به نمایش درآمد که حاوی عکس آیت‌الله خمینی و خامنه‌ای و گروهی از کشته‌شدگان جنگ بود. نکته بسیار مهم در مورد تلفن نوری آن است که او در انتهای دعوتنامه‌ای که به شکل پیام به اشخاص فرستاده به کرات خود را «حمید نوری» یا «حمید عباسی» معرفی کرده است.
وکلای مدافع حمید نوری در ساعات پایانی روز دوم محاکمه اعلام کردند که موکلشان گفته است شنیدن صداهای اعتراض خارج از دادگاه برایش شکنجه است. حمید نوری گفته است که سخنان تظاهرکنندگان برایش بسیار ناراحت‌کننده است و موجب برهم زدن تمرکز او می‌شود.
پس از شنیدن این سخنان، دادگاه تنفس اعلام کرد تا تظاهرکنندگان را به سکوت دعوت کنند. در هر دو روز دادگاه حمید نوری گروه‌های سیاسی گوناگون که اکثر آنها را اعضا و هواداران سازمان مجاهدین تشکیل می‌دادند، علیه حمید نوری و سایر عاملان و آمران قتل‌های دهه ۶۰ به ویژه اعدام‌های تابستان ۶۷ دست به تظاهرات اعتراض‌آمیز زدند.
دادگاه پس از یک وقفه ۱۵ دقیقه‌ای و در سکوت معترضان خارج از دادگاه، با استناد به گزارش‌های متعددی مانند گزارش کمیته حقیقت‌یاب و گفته‌های شاهدان و شاکیان پرونده، با اعلام اسامی هیئت مرگ به کار خود در روز دوم جلسه محاکمه حمید نوری خاتمه داد.
این اسامی عبارت بودند حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، مصطفی پورمحمدی، اسماعیل شوشتری، محمد مقیسه معروف به ناصریان، تقی عادلی و ابراهیم رئیسی، رئیس جمهور جدید ایران، کسانی که با رأی آنها یک انسان می‌توانست زنده بماند یا اعدام شود.