نقل قول های نزدیکان حسن روحانی درباره «هماهنگی» او برای انتخاب اعضای کابینه، با واکنش هایی از سوی برخی چهره های سیاسی و نمایندگان مجلس روبرو شده است. علی مطهری نایب رئیس مجلس این کار را موجب ایجاد «محدودیت» دانسته است.
اسحاق جهانگیری دو روز پیش گفته بود حسن روحانی در حال «مشورت با ارکان نظام» برای تشکیل کابینه دوازدهم است. پیشتر عبدالله ناصری از اصلاح طلبان نزدیک به دولت هم گفته بود روحانی برای انتخاب کابینه دیداری با رهبر خواهد داشت.
در سالهای گذشته عنوان شده بود که وزرای اطلاعات، کشور، امورخارجه، دفاع و فرهنگ و ارشاد اسلامی با هماهنگی رهبر جمهوری اسلامی توسط رئیس جمهوری انتخاب می شوند. این دخالت رهبر در انتخاب وزرا هیچ جایی در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران ندارد اما آیت الله خامنه ای در دو دهه گذشته از این اعمال قدرت خود استفاده کرده است.
وزارت خارجه ایالات متحده در گزارش سالانه خود و همچنین نهادهای حقوق بشری از اعمال نفوذ رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای زیر نظر او بخصوص شورای نگهبان در مسیر انتخابات، بارها انتقاد کرده اند و انتخابات ایران را آزاد نمی دانند.
به نظر می رسد غیر از فرآیند انتخابات، روند گزینش وزرا نیز با دخالت رهبر روبرو شده است.
در دوره های گذشته برخی وزرا با هماهنگی رهبر منصوب می شدند اما حسن روحانی، اینبار به جای چند وزیر، قصد دارد همه گزینه ها را با رهبر هماهنگ کند. موضوعی که موجب اعتراض برخی نمایندگان مجلس نیز شده است.
از جمله محمود صادقی که در توئیتر خود به این موضوع اشاره کرده است.
روز جمعه، علی مطهری، نایب رئیس مجلس به وبسایت فراکسیون امید مجلس درباره اقدام روحانی گفت: روش ایشان که قبل از ارائه اسامی کابینه پیشنهادی به مجلس، اعلام می‌کنند که این اسامی خدمت مقام رهبری ارائه شده، کار درستی نیست و باعث می‌شود امکان اظهار نظر درباره این گزینه ها محدود شود.
غیر از او، غلامرضا حیدری از اصلاح طلبان حاضر در مجلس هم ضمنی انتقاد کرده بود و گفت اگر نمایندگان مردم در مجلس بنا به وظیفه قانونی به برخی وزرا رای مخالف دهند، توجیه و بازتاب این عمل دربرابر تایید رهبری چه خواهد بود؟
در روزهای اخیر برخی فعالان سیاسی، خواستار حضور زنان در کابینه روحانی شده بودند اما نزدیکان دولت می گویند احتمالا وزیر زنی منصوب نمی شود.
در چهارسال در آستانه شکل گیری کابینه، اقلیت های مذهبی و گروه های حقوق بشری خواسته های خود را مطرح می کنند که عمدتا دولت به آنها بی توجه است. اهل سنت ایران بارها خواستار حضور وزیر سنی در کابینه شده اند اما دولت های قبلی به این خواسته تن نداده اند.
در جمهوری اسلامی تنها در دولت محمود احمدی نژاد وزیر بهداشت از زنان انتخاب شد که برخی می گویند عملکرد او از مردان تند رو هم بدتر بود و طرح هایی برای جدا سازی جنسیتی دست اندرکاران بهداشت و پزشکی در بیمارستان ها و مراکز درمانی داشت.