پایگاه داده‌های باز ایران با انتشار گزارشی به بررسی میزان بودجه «دانشگاه‌های حوزوی» و مراکز مرتبط با حوزه‌های علمیه در ایران پرداخت. بر اساس این گزارش مجموع بودجه پنج «دانشگاه مذهبی- تبلیغاتی» حکومت ایران که زیر نظر روحانیون اداره می‌شوند بیش از ۶۰۰ میلیارد تومان است.
در این گزارش تاکید شده «دانشگاه» ها یا «پژوهشگاه» های حوزوی در واقع مدارس مذهبی‌ای هستند که شباهت زیادی به حوزه‌های علمیه دارند و بنا به این گزارش اغلب آن‌ها به طور مستقیم زیر ظر علی خامنه‌ای اداره می‌شوند و با دستور او و با استناد به مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی به «دانشگاه» تبدیل شده‌اند.
این «دانشگاه‌های حوزوی» به ترتیب میزان بودجه تخصیصی به آن‌ها از کم تا زیاد عبارتند از:
- «دانشگاه اصول دین»: این دانشگاه که در اصل یک مدرسه دینی در عراق بوده، در سال ۱۳۷۴ با پی‌گیری آیت‌الله خامنه‌ای در ایران تاسیس شد. آیت الله محسن اراکی، از اعضای مجلس خبرگان. که مورد اعتماد ایت‌الله خامنه‌ای است، رئیس آن است.
- «پژوهشگاه فرهنگ و معارف اسلامی» و «دانشگاه معارف اسلامی» با آن که دو ردیف بودجه جداگانه دارند، در واقع یک موسسه‌اند که زیر نظر نماینده ولی‌فقیه در دانشگاه‌ها فعالیت می‌کنند. رئیس این موسسه حجت‌الاسلام مصطفی رستمی، قائم‌مقام نمایندگی آقای خامنه‌ای در دانشگاه‌هاست.
- «دانشگاه شهید مطهری» پیش از انقلاب «مدرسه عالی سپهسالار» یکی از مراکز آموزشی مدرن در ایران بود و پس از انقلاب با حکم آیت‌الله خمینی به «مدرسه عالی شهید مطهری» تغییر نام داد. پس از درگذشت محمد امامی کاشانی سرپرست آن در سال ۱۴۰۲، حجت‌الاسلام عبدالعلی توجهی ریاست آن را عهده‌دار شد.
- «پژوهشگاه حوزه و دانشگاه» از موسساتی است که بودجه آن از سوی وزارت علوم، تحقیقات و نوآوری تامین می شود. رهبر جمهوری اسلامی ماموریت آن را «بازنگری و اسلامی‌سازی علوم انسانی» تعیین کرده است . رئیس آن حجت الاسلام محمد باقر سعیدی روشن است.
- بودجه «دانشگاه اهل بیت» هم زیرمجموعه وزارت ارشاد و سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی تعریف شده است. این مدرسه دینی زیر نظر «مجمع جهانی اهل بیت» برای تبلیغ و توسعه بین‌المللی مذهب شیعه فعالیت می‌کند و دانشجویانش «طلاب» و «پژوهشگران» مسلمان خارجی هستند. رئیس این مدرسه حجت الاسلام سعید جازاری معموئی است.
- «دانشگاه علوم و معارف قرآنی» زیر نظر سازمان اوقاف و با ریاست حجت‌الاسلام سید محمد نقیب فعالیت می‌کند.
- و بالاخره «دانشگاه مذاهب اسلامی» که زیر مجموعه «مجمع تقریب مذاهب» است و تمرکزش بر مطالعه تطبیقی فقه و حقوق در مذاهب اسلامی است و بودجه اش از اعتبارات وزارت ارشاد تامین می‌شود. «سید عباس صالحی» رئیس این دانشگاه گرچه لباس روحانیت نمی‌پوشد ولی در حوزه های علمیه مشهد و قم درس خوانده و مدتی هم وزیر ارشاد بوده است.
در گزارش پایگاه داده‌های باز ایران به هفت مرکز مربوط به «حوزه‌های علمیه» نیز اشاره شده که جدای از «دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌های حوزوی» هستند و در سال ۱۴۰۳ جدا از منابع مالی دیگر بیش از ۱۸ هزار میلیارد تومان از بودجه کشور را به خود اختصاص داده‌اند و عبارتند از: «شورای عالی حوزه‌های علمیه»، «مرکز خدمات حوزه های علمیه» «حوزه‌های علمیه خواهران»، «حوزه‌های علمیه خراسان»، «دفتر تبلیغات حوزه علمیه قم»، «جامعه‌المصطفی‌العالمیه» و «موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی.»