یک روز بعد از ارزیابی نهادهای اطلاعاتی از اختلافات داخل جمهوری اسلامی، محمود احمدی‌نژاد رئیس جمهوری پیشین ایران، پس از اینکه اجازه نیافت در جلسه دادگاه معاون خود در دولت دهم حاضر شود، به انتقاد تند از دستگاه قضایی و از پاسخگو نبودن رهبر در قبال اقدامات آن دستگاه پرداخت.
آقای احمدی نژاد روز چهارشنبه ۲۵ بهمن پس از اینکه اجازه نیافت در دادگاه حمید بقایی حضور یابد در مقابل ساختمان دادگاه تجدید‌نظر به انتقاد از مرگ بازداشت شدگان و معترضان در زندان اشاره کرد و گفت که دستگاه قضایی مورد اعتماد مردم نیست.
او اضافه کرد که افراد را بازداشت می کنند، جنازه تحویل می‌دهند و می‌گویند خودکشی کرده است در حالی که کسی حرف دستگاه قضایی را باور نمی‌کند.
ارزیابی نهادهای اطلاعاتی آمریکا
این رویدادها در حالیست که نهادهای اطلاعاتی آمریکا در گزارشی که روز سه‌شنبه منتشر شد پیش بینی کردند که درگیری و تنش میان نیروهای میانه رو و تندرو و مراکز قدرت افزایش خواهد یافت.
بر اساس این گزارش، آیت الله خامنه‌ای که به تندروهای درون حکومت نزدیکتر است، با مشکلات تندرستی روبرو بوده است. نهادهای اطلاعاتی آمریکا پیش بینی کردند که او با گشایش‌های اجتماعی سیاسی مخالفت خواهد کرد.
روز چهارشنبه، محمود احمدی نژاد با بیان اینکه معلوم نیست باید از دستگاه قضایی به کدام مرجع بی‌طرف شکایت برد گفت: «رهبری هم که می گویند مسئولیت عملکرد دستگاه قضایی و بقیه دستگاه ها به عهده ایشان نیست.»
سخنان احمدی نژاد تنها چند روز پس از مرگ کاووس سیدامامی در زندان اوین بیان شده است.
از سوی دیگر، اسفندیار رحیم مشایی معاون رئیس جمهور ایران در زمان ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد در واکنش به مرگ کاووس سیدامامی در زندان اوین در یادداشتی نوشت: «اکنون قوه قضائیه، متهم به قتل است؛ مگر آن‌که خلافش ثابت شود. حتی اگر علت مرگ٬ خودکشی هم فرض شود، باز هم دستگاه قضایی مسئول است زیرا مسئولیت جان افراد زندانی و بازداشتی، بدون قیدوشرط با دستگاه قضایی و ضابطین تحت‌امر است.»
او اضافه کرد که قوه قضائیه شایستگی بازداشت افراد را ندارد چرا که در حفظ جان افراد ناتوان است، «و بر اساس اعتراف خود، قادر به ممانعت از خودکشی آنها نیست.»
آقای احمدی‌نژاد و نزدیکان او پیشتر نیز در پی طرح اتهامات مالی علیه آنها انتقادات تندی از قوه قضائیه کرده و گفته بودند که شخص رئیس قوه قضائیه با آنها مشکل دارد، اما منتقدان آقای احمدی نژاد معتقدند که انتقاد از دستگاه قضایی تنها به دلیل مطرح شدن پرونده‌های مالی نزدیکان اوست، چرا که او در دوره ریاست جمهوری خود به ویژه پس از حوادث سال ۸۸ انتقادی از رفتار دستگاه قضایی با متهمان نداشت.