داروخانه‌‌داری از مفهوم قدیمی و اصلی خود فاصله گرفته و براساس اعلام رئیس انجمن داروسازان ایران، افزایش بی‌رویه در تاسیس داروخانه به مرز ورشکستگی رسیدن داروخانه‌های قدیمی منجر شده است؛ اتفاقی که کارشناسان آن را نتیجه تجاری‌سازی و غلبه جنبه اقتصادی بر کارکرد درمانی در این صنف می‌دانند.
شهرام کلانتری تاکید کرده که افزایش بی‌رویه تعداد داروخانهها به میزان ۳۰ درصد در یکسال، به اقتصاد داروخانه‌های قدیمی‌تر فشار آورده است.
اتفاقی که کلانتری آن را عامل رسیدن داروخانه‌های قدیمی تا مرز ورشکستگی و اضافه شدن سرمایه‌گذار در برخی داروخانهها و تغییر شغل در برخی دیگر شده است.
نگاه تجاری به این صنف در پراکندگی داروخانهها ملموس است به‌طوری‌که به گفته کلانتری در برخی استان‌ها به ازای هر ۱۱ هزار نفر یک داروخانه وجود دارد و در نقطه مقابل در مناطقی از شمال شهر تهران به ازای هر ۱۵۰۰ نفر یک داروخانه تاسیس شده است.
خبرگزاری «مهر» در تایید تجاری‌سازی داروخانهها در گزارشی که یکم دی ماه منتشر کرده نوشته است: «صدور بی رویه مجوز تاسیس داروخانه در یک سال اخیر، باعث شده داروخانهها برای اینکه ورشکسته نشوند، سراغ فروش لوازم آرایشی و بهداشتی و مکمل‌ها بروند.»
آمارها نیز نشان می‌دهد که بعد از اجرای آیین نامه جدید تاسیس داروخانهها، ماهانه بین ۲۵۰ تا ۳۰۰ داروخانه در کشور تاسیس شده است.
بر پایه همین آمار است که «مهر» نوشته طی دو سال اخیر تعداد داروخانهها در استان‌های مختلف بین ۳۰ تا ۴۰ درصد افزایش یافته است.
یکی از انتقاداتی که به سیستم تاسیس داروخانه وارد است حذف فاصله جغرافیایی و از انحصار خارج شدن صدور مجوز تاسیس است که منتقدان آن را عامل رقابت داروخانهها با یکدیگر می‌دانند درحالی که به گفته آنها بر اساس قانون نظام پزشکی مؤسسه‌های پزشکی مثل داروخانهها حق رقابت با یکدیگر را ندارند.
در طرف مقابل نیز موافقان این رویه جدید بر این باورند که وجود فضای رقابتی و خارج شدن از انحصار منجر به افزایش سطح دسترسی مردم به نیازهای دارویی و بهداشتی و همچنین بالا رفتن کیفیت کالا و خدمات قابل ارائه در داروخانهها می‌شود.
این در حالی است که یکی دو سال اخیر، بحران کمبود دارو از یک طرف، و افزایش بی‌رویه قیمت داروها از طرف دیگر خانواده‌ها در ایران را با بحران درمان و دارو روبه‌رو کرده است.