دانشجویان دانشگاههای مختلف ایران که در همین آغاز سال تحصیلی جدید به دلایل سیاسی، علمی، و رفاهی دست به تجمع و تحصن زده‌اند، نسبت به حضور برنامه‌ریزی شده مسعود پزشکیان در دانشگاه بهشتی اعتراض کردند. همزمان، رئیس دانشگاه تهران اخراج دو دانشجوی معترض را تایید کرد.
خبرنامه امیرکبیر، روز یکشنبه ۱۹ مهر گزارش داد دانشجویان دانشگاه بهشتی در آستانه حضور اعلام‌شده مسعود پزشکیان در این دانشگاه، با نصب پوسترها و کاریکاتورهایی به این برنامه اعتراض کردند.
بر اساس این گزارش، قرار است رئیس دولت جمهوری اسلامی روز دوشنبه ۲۰ مهر، برای شرکت در مراسم آغاز سال تحصیلی و تقدیر از رتبه‌های برتر به این دانشگاه برود.
خبرنامه امیرکبیر با انتشار تصاویری اعلام کرد دانشجویان این دانشگاه با نصب پوسترهایی با عبارت «جای رئیس دولت کشتار در دانشگاه ما نیست» در کنار تصویری از «جاویدنام هادی فروغ» و پوستری با عبارت «از او بگو به دنیا» و همچنین کاریکاتورهایی از مسعود پزشکیان با مضمون «اعتراض به انکار سرکوب و کشتار مردم»، به استقبال حضور رئیس دولت جمهوری اسلامی در دانشگاه بهشتی رفته‌اند.
سازمان «حال‌وش» هم روز یکشنبه ویدیویی از یکی از دانشجویان دانشگاه فرهنگیان زاهدان منتشر کرد که در آن، دانشجویان نسبت به غذای ارائه‌شده در سلف دانشگاه، کیفیت نامناسب غذا و بی‌توجهی مسئولان به اعتراض‌های مکرر آنان گلایه کرده‌‌اند.
در سه هفته گذشته نیز گزارش‌های متعددی از وضعیت غیربهداشتی غذای دانشجویی در دانشگاههای مختلف کشور و اعتراض دانشجویان به این خدمات منتشر شده بود.
همزمان با این تحولات محمدحسین امید، رئیس دانشگاه تهران، در گفت‌وگو با خبرگزاری حکومتی ایسنا، از صدور حکم اخراج برای دو دانشجوی این دانشگاه خبر داد. او این دانشجویان را امیرمحمد کریمی و مهیار افتخاری معرفی و ادعا کرد که آنها در آتش زدن پرچم جمهوری اسلامی نقش داشته‌اند.
رئیس دانشگاه تهران همچنین گفت که ۲۲ پرونده ایجاد شده برای دانشجویان این دانشگاه، «تعیین تکلیف» شده و برای آنها صدور حکم صورت گرفته است اما به جزییات این پرونده‌ها و احکام صادره اشاره‌ای نکرد.
خبرنامه امیرکبیر می‌گوید محمدحسین امید، رئیس دانشگاه تهران به تازگی، خوابگاهی تازه‌ساز که با هزینه یکی از خیرین ساخته شده را به اسم خود نامگذاری کرده است. اقدامی که با اعتراض دانشجویان روبرو شده است.
وزارت امور خارجه آمریکا در گزارش‌های حقوق بشری خود درباره ایران، سرکوب و بازداشت فعالان دانشجویی، را از مصادیق محدودیت‌های شدید جمهوری اسلامی بر آزادی بیان و تشکل‌یابی دانسته و از مقام‌های جمهوری اسلامی خواسته تا به بازداشت و محاکمه دانشجویان، پایان دهند.