یک ماه پس از برکناری حمید میرزاده از ریاست دانشگاه آزاد، حسن خمینی نوه آیت الله خمینی در نامه‌ای به رئیس جمهوری ایران ضمن غیرقانونی خواندن تغییر رئیس دانشگاه آزاد خواستار دخالت حسن روحانی شد.
به گزارش خبرگزاری های داخلی ایران، حسن خمینی که عضو هیات موسس و هیات امنای دانشگاه آزاد است در نامه‌ای که اوایل خرداد نوشته شده و دوشنبه هشتم خرداد منتشر شده است، عزل آقای میرزاده را دارای شبهه غیرقانونی دانست و گفت که نصب جانشین او نیز بدون رای گیری در هیات امنای دانشگاه آزاد صورت گرفته است.
در پی درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس هیات امنا و رئیس هیات موسس دانشگاه آزاد اسلامی، رهبر جمهوری اسلامی علی اکبر ولایتی را به عنوان رئیس هیات موسس منصوب کرد و چندی بعد اعضای هیات امنای دانشگاه آزاد آقای ولایتی را به ریاست هیات امنا انتخاب کردند.
تغییرات در دانشگاه آزاد پس از انتخاب آقای ولایتی آغاز شد و سرانجام سوم اردیبهشت ماه اعلام شد که در جلسه فوق العاده هیات امنا، علی محمد نوریان به جای حمید میرزاده به عنوان سرپرست دانشگاه آزاد انتخاب شده است.
هیات امنا به آقای میرزاده پیشنهاد کرده بود که از سمت خود کناره گیری کند که پس از مخالفت آقای میرزاده با کناره گیری، او را برکنار کرد.
آقای میرزاده که از سال ۸۶ در دانشگاه آزاد حضور یافت، در سال ۱۳۹۲ با رأی شش نفر از هیئت امنای دانشگاه آزاد از جمله اکبر هاشمی رفسنجانی، حسن خمینی، حسن قاضی زاده هاشمی و جعفر توفیقی سرپرست این دانشگاه شد و در آبان ۱۳۹۲ماه همان سال با رأی اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی، رسماً ریاست دانشگاه آزاد اسلامی را بر عهده گرفت.
با ورود آقای ولایتی به دانشگاه آزاد سرانجام تغییرات تدریجی در این دانشگاه به آقای میرزاده رسید و او نیز برکنار شد. روز یکشنبه هفتم خرداد نیز گزارش شد که یاسر هاشمی، فرزند اکبر هاشمی رفسنجانی از ریاست دفتر هیات امنای دانشگاه آزاد برکنار شده است.
حال نوه آیت الله خمینی تغییر رئیس دانشگاه آزاد را دارای شبهه غیرقانونی دانسته و از حسن روحانی، که ریاست شورای انقلاب فرهنگی را نیز بر عهده دارد، خواسته است که در این موضوع دخالت کند.
دانشگاه آزاد اسلامی سال ۱۳۶۱ به پیشنهاد اکبرهاشمی رفسنجانی و با حمایت آیت الله خمینی تاسیس شد.
این دانشگاه در دهه هفتاد به سرعت توسعه پیدا کرد و در شهرهای کوچک نیز واحدهایی ایجاد کرد.
ارزش مالی دانشگاه آزاد در حدود چهل هزار میلیارد تومان برآورد شده است.
