در حالی که مقامات قضایی چندین بار وجود زندانیان سیاسی در ایران را تکذیب کرده‌اند، این بار علی مطهری نماینده مجلس طرح چنین موضوعی را «ترفند» نهادهای اطلاعاتی و قضایی جمهوری اسلامی توصیف کرد.
علی مطهری در گفت‌وگو با روزنامه اعتماد که روز سه شنبه ۱۱ تیرماه منتشر شده است گفت که ما در ایران «هم مخالفان سیاسی داریم هم زندانیان سیاسی».
او افزود: این اظهارات ترفندی است که تاکنون نهادهای امنیتی و اطلاعاتی و قوه قضاییه به کار برده اند برای آنکه همه منتقدان و مخالفان نظام را گروه‌ها و متهمان امنیتی تلقی کنند تا قانون جرم سیاسی شامل حال آنها نشود و این ظلمی است که در حق منتقدان و مخالفان نظام صورت می‌گیرد.
در حالی این نماینده مجلس وجود زندانیان سیاسی در ایران را تایید کرده که بارها مقامات قضایی در ایران این موضوع را رد کرده و آنها را متهمان امنیتی نامیده بودند.
غلامحسین اسماعیلی سخنگوی قوه قضائیه یکشنبه شب ۹ تیرماه در یک برنامه تلویزیونی در واکنش به قتل یک زندانی سیاسی در زندان فشافویه و علت نگهداری زندانیان سیاسی کنار سایر زندانیان گفت: «ما در ایران زندانی سیاسی نداریم و این‌ها کسانی هستند که جرم علیه امنیت انجام داده‌اند.»
این اولین بار نیست که دستگاه قضایی ایران وجود زندانیان سیاسی را تکذیب می کند. پیش از این صادق آملی لاریجانی، رئیس سابق قوه قضائیه در بهمن ۹۷ با رد این موضوع گفته بود که «اگر کسی اقدامی علیه امنیت مرتکب شده است، عنوان مجرمانه مستقلی دارد که باید به آن رسیدگی شود.»
مقام های جمهوری اسلامی چند سالی است که متهمان سیاسی را زیر عبارت «مجرمان امنیتی» دسته بندی می کنند و حقوق آنها را نقض می کنند. اصل ۱۶۸ قانون اساسای جمهوری اسلامی می گوید به جرایم سیاسی و مطبوعاتی باید علنی و با حضور هیئت منصفه رسیدگی شود. اما در چهار دهه گذشته به بهانه عدم تعریف جرم سیاسی، متهمان پرونده های سیاسی همواره در محاکم غیرعلنی و بدون هیئت منصفه محاکمه شده‌اند.
قانون جرایم سیاسی در ایران در خردادماه سال ۹۵ برای اجرا ابلاغ شد و در آبان سال ۹۶ نیز اعلام شد که هیئت منصفه دادگاه جرایم سیاسی آغاز به کار کرده است اما محاکمه زندانیان سیاسی همچنان در دادگاه‌های انقلاب است.
