پس از سخنان محمد مرسی درکنفرانس جنبش عدم تعهد در تهران که با انتقاد از حکومت سوریه، بشار اسد را سرکوبگر خواند ، چند مقام ایرانی از او انتقاد کرده اند. حداقل دو نفرازمقامات جمهوری اسلامی ، محمد مرسی را به "خامی"، "بی دقتی" و "اخلال در نظم و روند اجلاس تهران" متهم کرده اند.