پس از حمله موشکی جمهوری اسلامی به اسرائیل در روز سه‌شنبه ۱۰ مهر این گمانه‌زنی وجود دارد که ممکن است اسرائیل با توجه به تهدیدهای خود، مراکز هسته‌ای جمهوری اسلامی در نقاط مختلف ایران را هدف قرار دهد.
خبرگزاری رویترز در گزارشی در مورد مراکز اصلی و شناخته شده هسته‌ای جمهوری اسلامی نوشت: برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی در نقاط مختلف ایران پراکنده شده است و به رغم تهدید حمله هوایی اسرائیل در دهه‌های اخیر، برخی از مراکز هسته‌ای در زیر زمین ساخته شده‌اند.
به نوشته رویترز، نطنز، فُردو، اصفهان، خُنداب، تهران، و بوشهر، مراکز شناخته شده اصلی هسته‌ای جمهوری اسلامی هستند که با قابلیت‌ها و امکانات متفاوت خود از اهمیت زیادی در برنامه هسته‌ای حکومت ایران برخوردارند.
نطنز
این مجموعه بخش مهمی از برنامه غنی‌سازی جمهوری اسلامی محسوب می‌شود که در یک دشت باز در استان اصفهان قرار دارد.
نطنز دارای امکاناتی از جمله کارخانه عظیم غنی‌سازی سوخت زیرزمینی «اف‌ایی‌پی» و کارخانه آزمایشی غنی‌سازی سوخت «پی‌اف‌ایی‌تی» است.
یک گروه مخالف جمهوری اسلامی در خارج ایران، شورای ملی مقاومت ایران، در سال ۲۰۰۲ میلادی (۱۳۸۱) فاش کرد که حکومت ایران به طور مخفیانه در حال ساخت تاسیساتی در نطنز است و این موضوع باعث ایجاد بن‌بست دیپلماتیک میان غرب و ایران بر سر اهداف هسته‌ای این کشور شد که هنوز ادامه دارد.
اف‌ایی‌پی برای غنی‌سازی در مقیاس تجاری ساخته شده است و می تواند تا ۵۰ هزار سانتریفیوژ را در خود جای دهد. در حال حاضر حدود ۱۴ هزار سانتریفیوژ در نطنز نصب شده است و تقریباً ۱۱ هزار سانتریفیوژ فعال دارد که اورانیومی با خلوص پنج درصد تولید می‌کند.
به گفته دیپلمات‌های مطلع، اف‌ایی‌پی نطنز در حدود سه طبقه زیر زمین قرار دارد که حمله هوایی به آن را دشوار می‌کند.
البته به سانتریفیوژهای مستقر در اف‌ایی‌پی نطنز به اشکال دیگری آسیب وارد شده است، از جمله انفجار و قطع برق در سال ۲۰۲۱ (۱۴۰۰) که به گفته جمهوری اسلامی، در اثر حمله اسرائیل رخ دارد.
پی‌اف‌ایی‌پی نطنز روی زمین قرار دارد و تنها چند صد سانتریفیوژ دارد اما غنی‌سازی ۶۰ درصدی اورانیوم در این مکان انجام می‌شود.
فردو
فردو، در داخل کوه و بین تهران و قم ساخته شده و اف‌ایی‌پی کوجود در آن از محافظت بیشتری در مقابل یک حمله هوایی احتمالی برخوردار است. در پی توافق جمهوری اسلامی با قدرت‌های غربی، تهران از هرگونه غنی‌سازی در فردو منع شد.
در حال حاضر، بیش از یک هزار سانتریفیوژ در فردو فعال است که بخشی از آنها، دستگاه‌های پیشرفته «آی‌آر-۶» هستند که اورانیوم ۶۰ درصدی تولید می کنند.
جمهوری اسلامی اخیرا تعداد سانتریفیوژهای نصب شده در فردو را دو برابر کرده است و تمام سانتریفیوژهای جدید را دستگاه‌های آی‌آر-۶ تشکیل می‌دهند.
آمریکا، بریتانیا و فرانسه در سال ۲۰۰۹ (۱۳۸۸) اعلام کردند که جمهوری اسلامی سال‌ها مخفیانه و بدون اطلاع آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در حال ساخت فردو بوده است.
باراک اوباما، رئیس‌جمهوری وقت ایالات متحده، گفته بود که اندازه و ویژگی‌های این مرکز هسته‌ای با یک برنامه صلح‌آمیز «ناسازگار» است.
اصفهان
این مرکز بزرگ فناوری هسته‌ای در حومه اصفهان، دومین شهر بزرگ ایران، قرار دارد.
این مرکز این شامل کارخانه ساخت صفحات سوخت (اف‌پی‌اف‌پی) و تأسیسات تبدیل اورانیوم (یواس‌اف) است که می‌تواند اورانیوم را به «هگزافلوورید اورانیوم» که به سانتریفیوژها وارد می‌شود، تبدیل کند.
تجهیزاتی در اصفهان برای ساخت فلز اورانیوم وجود دارد، فرآیندی که به ویژه برای تولید سلاح‌های هسته‌ای ضروری است، زیرا می‌تواند در ساخت بمب اتمی مورد استفاده قرار گیرد.
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی می‌گوید دستگاه‌هایی برای ساخت قطعات سانتریفیوژ در اصفهان وجود دارد و آن را در سال ۲۰۲۲ (۱۴۰۱) به عنوان یک «محل جدید» توصیف کرده است.
خنداب
این راکتور تحقیقاتی آب سنگین نیمه ساخته در ابتدا اراک و اکنون خنداب نامیده می‌شود.
راکتورهای آب سنگین می‌توانند پلوتونیوم تولید کنند که مانند اورانیوم غنی شده در ساخت بمب اتمی نیز استفاده می‌شود.
طبق توافق تهران با قدرت‌های غربی، ساخت و تکمیل این پروژه متوقف، هسته راکتور برداشته و با بتن پر شد تا قابل استفاده نباشد.
این راکتور قرار بود «برای به حداقل رساندن تولید پلوتونیوم و نه برای تولید پلوتونیوم با درجه تسلیحات در حالت عادی» دوباره طراحی شود.
جمهوری اسلامی به آژانس بین‌المللی انرژی اتمی اطلاع داده است که قصد دارد این راکتور را در سال ۲۰۲۶ (۱۴۰۵) فعال کند.
مرکز تحقیقات تهران
این مرکز شامل یک راکتور تحقیقاتی است.
بوشهر
تنها نیروگاه هسته‌ای فعال جمهوری اسلامی در سواحل خلیج فارس، از سوخت روسیه استفاده می‌کند و روس‌ها پس از مصرف آن را تحویل می‌گیرند که خطر گسترش سلاح‌های هسته‌ای را کاهش می‌دهد.
دنی دانون ، سفیر اسرائیل در سازمان ملل متحد، شامگاه چهارشنبه ۱۱ مهر گفت: کابینه جنگی اسرائیل در حال بررسی گزینه‌های خود برای پاسخ به حمله موشکی جمهوری اسلامی است و «واکنش تلافی‌جویانه اسرائیل» به‌زودی انجام می‌شود.
جمهوری اسلامی در حمله موشکی روز سه‌شنبه به اسرائیل، که دومین و بزرگترین حمله مستقیم حکومت ایران به آن کشور بود، نزدیک به ۲۰۰ موشک بالستیک شلیک کرد.
دنی دانون به شبکه خبری سی‌ان‌ان گفت: «آنچه رخ داد یک اقدام بی‌سابقه بود و همانطور که در شورای امنیت گفتم، پاسخ ما به زودی، بسیار قوی و دردناک خواهد بود.»
آمریکا و اسرائیل این حمله موشکی را ناکارآمد و خنثی شده توصیف کرده‌اند. براساس گزارش‌های منتشره، خسارات وارد شده بسیار محدود بود و اسرائیل نیز گفت که این حملات تلفاتی نداشته است.
بر اساس این گزارش، آمریکا و آژانس بین‌المللی انژی اتمی، وابسته به سازمان متحد معتقدند که جمهوری اسلامی برنامه تسلیحات هسته‌ای محرمانه خود را در سال ۲۰۰۳ میلادی (۱۳۸۲) متوقف کرد.
جمهوری اسلامی در سال ۲۰۱۵ (۱۳۹۴) در مقابل لغو تحریم‌های بین‌المللی، در توافقی با قدرت‌های جهانی با ایجاد محدودیت‌هایی در فعالیت‌های هسته‌ای خود موافقت کرد.
این توافق پس از اینکه دونالد ترامپ، رئیس‌جمهوری سابق آمریکا، در سال ۲۰۱۸ (۱۳۹۷) از آن خارج شد، و جمهوری اسلامی به تدریج محدودیت‌های وضع شده را کنار گذاشت، از هم پاشید.
جمهوری اسلامی از آن هنگام برنامه غنی‌سازی اورانیوم خود را گسترش داده و زمانی را که برای تولید اورانیوم با درجه تسلیحات کافی برای بمب هسته‌ای نیاز است، از دست‌کم یک سال به چند هفته رسانده است. با این حال، ساخت بمب هسته‌ای به زمان بیشتری نیاز دارد که به صورت مشخص نمی‌توان آن را پیش‌بینی کرد.
به گفته آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، جمهوری اسلامی اکنون در حال غنی‌سازی اورانیوم با خلوص ۶۰ درصد، نزدیک به ۹۰ درصد مورد نیاز برای تسلیحات هسته‌ای است و در صورت غنی‌سازی بیشتر اورانیوم قادر به ساخت دست‌کم چهار بمب هسته‌ای است.
در این حال، اعمال محدودیت علیه برخی از بازرسان آژانس در سال گذشته که از سوی حکومت ایران صورت گرفت با محکومیت شدید آژانس بین‌المللی انرژی اتمی مواجه شد.
آژانس از این ممنوعیت تازه به عنوان اقدامی «بی‌سابقه» یاد کرد و آن را «ضربه‌ای بسیار جدی» به توانایی خود برای بازرسی معنادار از تاسیسات هسته‌ای ایران خواند.
پس از آن شورای حکام آژانس، متشکل از ۳۵ کشور، با صدور قطعنامه‌ای خواستار افزایش همکاری جمهوری اسلامی ایران با آژانس و رفع ممنوعیت دسترسی بازرسان این نهاد ناظر هسته‌ای شد.