به گفته یک مقام وزارت علوم ایران، شورای عالی انقلاب فرهنگی، مجوز دانشگاه ایرانیان، به ریاست محمود احمدی نژاد رئیس جمهوری پیشین ایران را بلااثر کرده است.
حسین حسینی، مدیرکل دفتر گسترش آموزش عالی وزارت علوم گفت: «دانشگاه ایرانیان فقط از شورای عالی انقلاب فرهنگی مجوز داشته است که این مجوز نیز به این دانشگاه اجازه فعالیت در محدوده تهران تحت مدیریت احمدی‌نژاد را داده بوده که اخیرا شورای عالی انقلاب فرهنگی بلااثر اعلام کرده است.»
دانشگاه ایرانیان به مدیریت محمود احمدی‌نژاد، که در ماههای پایانی ریاست جمهوری او اجازه فعالیت گرفت، به دلیل اختصاص مبالغی از بودجه دولتی و روند دریافت مجوز خبرساز شد. بلااثر شدن مجوز دانشگاه به آن معنا است که این دانشگاه نمی‌تواند به فعالیت خود ادامه دهد.
به گفته مدیرکل شورای گسترش وزارت علوم مجوز اصولی فقط به این معناست که یک دانشگاه اجازه دارد مقدمات تشکیل این دانشگاه را فراهم کند و پس از آن، هر اقدام عملی باید مجوز قطعی وزارت علوم را داشته باشد.
این مقام وزارت علوم گفت در مورد مبالغی که برای تاسیس این دانشگاه از حساب دولت برداشت شده بود، گفت که این مساله از مراجع قضایی پیگیری می‌شود.
آقای حسینی پیشتر به خبرگزاری مهر گفته بود در سال ۱۳۸۹ که مجوز دانشگاه جامع ایرانیان در امارات صادر شد، «ابراهیم عزیزی، مرضیه وحیددستجردی، اسفندیار رحیم‌مشایی، حمید بقایی، لطف‌الله فروزنده، محمدعلی صالحی و محمد شریف ملک‌زاده اعضای هیات موسس این دانشگاه بودند اما بعد از مدتی نصف این اعضا استعفا کردند و این هیات از حد نصاب قانونی خارج شد». به گفته او از هیات موسس جدید خواسته شده که دوباره درخواست مجوز کنند اما «این اتفاق تا کنون نیفتاده است».
دولت احمدی نژاد متهم شده که ۱۶ میلیارد تومان از بودجه نهاد ریاست جمهوری و برخی امکانات دولتی دیگر را در روز آخر فعالیت دولت به این این دانشگاه منتقل کرده است.