اتوبوس دولت سیزدهم که بسیاری از آنها وابسته به دانشگاه حکومتی «امام‌صادق» و وابستگان به نهادهای زیرنظر علی‌خامنه‌ای بودند، در هفته‌های اخیر در حال بازگشت به همان نهادها هستند. نهادها و ارگان‌های با نفوذی که همواره در بخش‌های مختلف موازی و یا فراتر از دستگاه‌های دولتی تاثیرگذار هستند و شفافیتی در مورد عملکرد آنها وجود ندارد. این در حالی است که مسعود پزشکیان که از چند هفته پیش عنوان ریاست دولت در جمهوری اسلامی را به دست آورده، در ماه‌های اخیر بارها تاکید کرده که هدفش اجرای دستورات خامنه‌ای است.
در همین راستا پرویز فتاح رئیس «ستاد اجرایی فرمان امام» که یکی از بانفوذترین بنگاه‌های اقتصادی زیر نظر خامنه‌ای است، چندی پیش صولت مرتضوی، وزیر کار دولت رئیسی را به عنوان عضو موظف و رئیس هیات مدیره «بنیاد برکت» منصوب کرد.
بنیاد برکت یکی از نهادهای اقتصادی زیر نظر خامنه‌ای است که در اوج بحران همه‌گیری کرونا به واسطه مخالفت خامنه‌ای با واردات واکسن کرونا، به سمت تولید این واکسن رفت و برای پیش‌فروش ۱۲۰ میلیون دُز واکسن برکت یک میلیارد دلار از «محل اعتبارات دولتی» بودجه گرفت اما هرگز وعده خود را عملی نکرد.
محمد مخبر، معاون اول ابراهیم رئیسی نیز پیش از ورود به دولت سیزدهم، ریاست «ستاد اجرایی فرمان امام» را برعهده داشت و تعداد زیادی از مدیران زیر نظر خود را همراه خود به بخش‌های مختلف دولت آورده بود.
در ادامه بازگشت مدیران ابراهیم رئیسی به بدنه حاکمیت، سپهر خلجی نیز از سوی پرویز فتاح به عنوان مشاور رئیس «ستاد اجرایی فرمان امام» در امور فرهنگی و اجتماعی منصوب شد. سپهر خلجی در دولت رئیسی، رئیس شورای اطلاع رسانی دولت بود.
رضا مراد صحرایی که به عنوان وزیر آموزش و پرورش یکی از پرحاشیه‌ترین دوران این وزارتخانه را با ایجاد تغییرات گسترده در مفاهیم و محتوای کتب درسی رقم زد نیز توسط حسین دهقان به‌عنوان معاون توسعه مدیریت و منابع «بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی» که این نهاد نیز زیر نظر خامنه‌ای است و میلیاردها تومان سرمایه دارد که از مصادره‌های ابتدای انقلاب حاصل شده، منصوب شد.
محسن منصوری، معاون اجرایی دولت رئیسی نیز که از بنیاد مستضعفان به دولت راه پیدا کرده بود پس از استقرار دولت چهاردهم به بنیاد مستضعفان بازگشت.
بنیاد مستضعفان یکی دیگر از نهادهای زیر نظر علی خامنه‌ای است و دامنه فعالیت این بنیاد به حوزه‌های بانکداری با بانک سینا، کشاورزی، انرژی، راهسازی، صنایع غذایی، هتلداری و بسیاری از حوزه‌های دیگر رسیده است.
محمدرضا آشتیانی نیز که در دولت سیزدهم وزیر دفاع بود به عنوان جانشین رئیس ستاد کل نیروهای مسلح منصوب شده است.
وب‌سایت «اقتصاد نیوز» نیز در گزارشی به این موضوع پرداخته و نوشته که محمدعلی زلفی گل، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری دولت رئیسی نیز با توجه به عضویت در هیات علمی دانشگاه بوعلی سینا همدان به این شهر رفت تا فعالیت خود را در دانشگاه ادامه دهد.
به نوشته این رسانه محمد حسینی، معاون سابق پارلمانی ابراهیم رئیسی و محمدمهدی اسماعیلی وزیر سابق فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت سیزدهم نیز راهی دانشگاه شدند تا به عنوان عضو هیات علمی دانشگاه تهران فعالیت کنند.
احسان خاندوزی نیز عضو هیات علمی دانشکده اقتصاد دانشگاه علامه طباطبایی بود و به این دانشگاه بازگشت.
یکی از بزرگ‌ترین انتقادات به دولت ابراهیم رئیسی در بکار گرفتن افراد، استفاده از افراد نزدیک به سعید جلیلی و وابستگان به حلقه «امام‌صادقی‌ها» بود. منتقدان بر این باور بودند که جلیلی به عنوان نفر اصلی دولت در سایه، دولت ابراهیم رئیسی را مدیریت می‌کرد.
مسعود پزشکیان که از چند هفته پیش عنوان ریاست دولت در جمهوری اسلامی را به دست آورده، در ماه‌های اخیر بارها تاکید کرده که هدفش اجرای دستورات خامنه‌ای است. منتقدان جمهوری اسلامی می‌گویند تفاوتی ندارد که چه کسی در راس دستگاه اجرایی کشور باشد چون در نهایت باید دستورات خامنه‌ای را به اجرا درآورد.