سرلشکر محمدعلی جعفری فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی روز پنجشنبه ۲۹ مرداد به سخنان روز چهارشنبه رئیس‌جمهوری اسلامی ایران درباره شورای نگهبان واکنش نشان داد و در اظهاراتی تند بدون آن که از حسن روحانی نام ببرد گفت "برخی معتقدند رفتارهای ما باید در چارچوب اراده دشمن تنظیم شود."
جعفری درباره سخنانی که به گفته او "تضعیف شورای نگهبان" را به دنبال دارد گفت: "این گونه گویش‌ها خدشه به وحدت ملی و شعار برگزیده سال یعنی همدلی و همزبانی است... و به تعبیری آغاز فرسایش استقلال و عزت نظام اسلامی و انقلابی ایران است."
حسن روحانی روز چهارشنبه در سخنانی درباره انتخابات مجلس شورای اسلامی در زمستان امسال درباره نقش شورای نگهبان گفت: "شورای محترم نگهبان ناظر است نه مجری. مجری انتخابات دولت است. دولت مسئول برگزاری انتخابات است و دستگاهی هم پیش‌بینی شده که نظارت کند تا خلاف قانون صورت نگیرد. شورای نگهبان چشم است و چشم نمی‌تواند کار دست را بکند، نظارت و اجرا نباید مخلوط شوند باید به قانون اساسی کاملاً توجه کرده و عمل کنیم."
فرمانده کل سپاه در واکنش به این اظهارات رئیس جمهوری ایران گفت: "کسانی که از مسیر همین شورا و با بلندنظری و منش غیرجناحی اعضای آن، فرصت ظهور در عرصه مدیریت کشور را یافته‌اند، باید گفتار سنجیده‌تری داشته باشند." او همچنین گفت: "کسانی که می‌خواهند با این سخنان مغایر با اصول انقلاب و فرمایشات رهبر معظم انقلاب اسلامی، روزنه‌های جدیدی را برای نفوذ بیگانگان در کشور بگشایند، بدانند هرگز اجازه رشد و پیاده‌سازی چنین تفکری را نخواهیم داد."
او در عین حال به "مسئولان نظام" توصیه کرد اجازه ندهند "برای جلب رضایت نظام سلطه و شیطان بزرگ، باورها و ارزش‌های انقلابی جامعه زیر سوال برده شود."
پا جای پای احمدی‌نژاد نگذارید
همزمان احمد توکلی نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی نیز در گفت‌وگو با خبرگزاری تسنیم گفت: "باید شأن قانونی شورای نگهبان رااز عملکردش جدا کنیم، بعد نقد کنیم."
او گفت شورای نگهبان دو وظیفه دارد: "اختیار قانونی در تعیین صلاحیت داوطلبان و دیگری عملکرد آن در تعیین صلاحیت." به گفته توکلی "معلوم نیست آقای رئیس‌جمهور به کدام‌یک از این دو وظیفه شورا اعتراض دارد و ظاهرا به هر دو وجه معترض هستند."
توکلی گفت: "براساس اصل ۹۶ قانون اساسی کار نظارت به‌عهده شورای نگهبان است و چون بحث نحوه اعمال نظارت سابقه‌دار است، شورای نگهبان در سال ۷۰ در نظر تفسیری خود نظارت را استصوابی اعلام کرد. این کار هم براساس اصل ۹۸ قانون اساسی که اختیار تفسیر را به شورا واگذارده، انجام گرفت."
احمد توکلی به حسن روحانی توصیه کرده است که پایش را جای پای آقای احمدی‌نژاد نگذارد. او گفت آقای احمدی‌نژاد جمله‌ای داشت که او را از صلاحیت هم انداخت و می‌گفت "من فلان قانون را قبول ندارم" و از این جهت به درستی مورد نقد آقای روحانی بود.
حسن روحانی با اشاره به برگزاری انتخابات مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان در اسفند ماه امسال گفت که مجلس شورای اسلامی آینده متعلق به یک حزب و جناح نخواهد بود. او گفت: "مگر می‌شود جناحی بگوید که من یک خم رنگرزی پیدا کرده‌ام که می‌توانم آنجا را به هر رنگی که بخواهم درآورم؛ اینگونه نیست."
رئیس جمهوری ایران سپس به موضوع رد صلاحیت‌های پیش از انتخابات پرداخت و گفت: "ما جایی را در کشور نداریم که بخواهد افراد صالح و دلسوز را که می‌خواهند با استفاده از تجربیاتشان به کشور خدمت کنند حالا از هر جناحی که باشند رد صلاحیت کند." آقای روحانی اضافه کرد: "جایی که باید بگوید فردی برای شرکت در انتخابات صالح است یا نه هیئت‌های اجرایی هستند و ما هیئت اجرایی نداریم که یک جناح را تأیید صلاحیت کند و یک جناح دیگر را تأیید صلاحیت نکند."
موضوع رد صلاحیت نامزدان انتخاباتی همواره مورد بحث‌های فراوان و اختلاف نظر میان جناح‌های سیاسی بوده است. صلاحیت برخی از شرکت‌کنندگان در انتخابات مختلف، به ویژه منتقدان حکومت، برای دوره‌‌های پیاپی توسط شورای نگهبان رد شده است. منتقدان، شورای نگهبان را به برخورد جناحی و موضع گیری‌های سیاسی متهم کرده‌اند.
سخنان حسن روحانی درباره اینکه تایید صلاحیت‌های جناحی نخواهد بود در حالیست که احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان در خطبه‌های نماز جمعه ۲۴ مرداد، موضع گیری در مورد حوادث سال ۱۳۸۸ را از معیارهای تایید صلاحیت نامزدان انتخاباتی دانست و گفت: "کسانی که در مورد فتنه موضع‌گیری نکرده‌اند نمی‌توانند ادعای ولایتمداری کنند و به مجلس خبرگان راهی نخواهند داشت."