یک روز پس از حمله اسرائیل به مواضع جمهوری اسلامی در خاک ایران، مقامات حکومت ایران به این اقدام واکنش نشان داده و از پاسخ به حملات اسرائیل خبر داده‌اند.
در همین رابطه وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی در نامه‌ای به دبیرکل سازمان ملل پاسخ به اسرائیل را «حق قانونی» دانسته و محمد باقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی نیز در صحن علنی مجلس در روز یکشنبه ششم آبان‌ماه گفت: «پاسخ به این تجاوزگری قطعی و با رعایت اقتضائات است.»
بنابر گزارش‌ها وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی در واکنشی در نامه‌ای به شورای امنیت و دبیر کل سازمان ملل متحد در مورد حمله اسرائیل به مواضع جمهوری اسلامی اعلام کرد که «حق ذاتی ما برای پاسخ قانونی و مشروع به این حملات محفوظ می‌دارد.»
در نامه عباس عراقچی آمده است که اقدامات اسرائیل «نقض جدی حاکمیت و تمامیت ارضی جمهوری اسلامی و تخلف آشکار از حقوق بین‌الملل و منشور سازمان ملل متحد» محسوب می‌شود.
عراقچی همچنین در این نامه خواستار نشست فوری شورای امنیت سازمان ملل در این رابطه شده و نوشته باید از پاسخگو نمودن این رژیم جنایت‌کار اطمینان حاصل شود.
این اولین واکنش رسمی مقامات جمهوری اسلامی به حمله اسرائیل به مواضع جمهوری اسلامی است.
محمدرضا عارف، معاون اول رئیس دولت جمهوری اسلامی نیز در واکنش به این حملات گفته است: « متناسب با شیطنت متجاوز در زمان و شرایط مقتضی پاسخ خواهیم داد.»
در همین راستا رئیس مجلس بر پاسخ قطعی جمهوری اسلامی به حمله اسرائیل به پایگاه‌های نظامی در ایران تاکید کرد.
در روایت ایسنا به نقل از قالیباف آمده است: «قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی گفت: جمهوری اسلامی ایران در چارچوب حق ذاتی دفاع مشروع و ماده ۵۱ ملل متحد خود را محق به دفاع از خود می‌داند و پاسخ به این تجاوزگری قطعی و با رعایت اقتضائات است.»
در پی گمانه‌زنی‌ها از پاسخ جمهوری اسلامی به این حملات، لوید آستین، وزیر دفاع آمریکا، روز شنبه در بیانیه‌ای به جمهوری اسلامی هشدار داد که از هرگونه واکنش به حملات اسرائیل به تاسیسات نظامی جمهوری اسلامی ایران خودداری کند.
در ساعات اولیه پس از حمله به مواضع جمهوری اسلامی، جو بایدن، رئیس جمهور ایالات متحده نیز دستور داد تمام تلاش‌ها برای محافظت از نیروهای آمریکایی در منطقه و کمک به دفاع از اسرائیل در مقابل پاسخ‌های احتمالی جمهوری اسلامی و گروه‌های نیابتی‌اش انجام شود.
ارتش اسرائیل صبح روز شنبه ۵ آبان، همزمان با طلوع آفتاب در ایران، اعلام کرد حملات «دقیق و هدفمند» به اهداف نظامی جمهوری اسلامی در مناطق مختلف ایران به پایان رسیده و هواپیماهای اسرائیلی با موفقیت به پایگاه‌های خود بازگشته‌اند.
تاکنون ارتش جمهوری اسلامی کشته شدن دستکم ۴ نیروی نظامی حکومت ایران را تایید کرده است.