تداوم اعتراضات و ناتوانی دستگاه های امنیتی در پیدا کردن راهی برای اتمام آن به نفع حاکمیت موجب ایجاد چندصدایی در رأس نهادهای بالادست شده است به طوری که خبرها از برگزاری دو جلسه فوق‌امنیتی بی‌نتیجه و تنش‌زا حکایت دارد.
این جلسات منجر به انتشار شایعه استعفای علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی و تکذیب آن توسط این شورا شد.
شایعه استعفای شمخانی، ریشه در مخالفت‌های گسترده در بین مقامات لشگری و کشوری با حضور وی در شورای عالی امنیت ملی دارد. جایی که قرار گرفتن جمهوری اسلامی در بن بست اعتراضات اخیر را ناشی از ضعف عملکرد وی می‌دانند و در شرایطی که معترضان خواهان عبور از جمهوری اسلامی هستند، تصمیم‌سازان به دنبال عبور از علی شمخانی باشند.
حمید رسایی، از چهر‌های تندروی جریان اصولگرا، اولین نفری بود که بی‌پرده خواهان برکناری علی شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی برای مدیریت بهتر سرکوب اعتراضات شد.
رسایی گفت: «علی شمخانی دبیر مورد اعتماد حسن روحانی و از مسببین وضع موجود است و در کنار حسن روحانی باید پاسخگو باشد.»
او همچنین گفت که شمخانی، ناکارآمدی‌اش را در آبان ۹۸ و برخورد با اعتراضات آن سال نشان داده و به دلیل حواشی اقتصادی باید پاسخگو باشد.
به نظر می‌رسد اظهارات رسایی در راستای پروژه جبهه پايداري و همفکران آنها یعنی فشار براي حذف دبيران شوراي‌عالي است.
ماجرا از متني آغاز شد که «فارس» در اول آبان سالجاري منتشر کرد: «از آقاي رئيسي؛ رئيس‌جمهور محترم خواستاريم دبيران شوراي‌عالي را که همگي از دولت قبل باقي مانده‌اند يعني دبير شوراي‌عالي امنيت ملي، دبير شوراي‌عالي فضاي مجازي و دبير شورای عالی انقلاب فرهنگی را تغيير و افراد انقلابی را جايگزين کنند.»
رسایی پس از حادثه شاهچراغ خطاب به دبیرشورای عالی امنیت ملی نوشت: «آقاي شمخاني شما مقصريد! اين خون‌هاي ريخته شده، دل‌هاي شکسته شده نيروهاي مظلوم فراجا و اقتدار لطمه ديده نيروهاي حافظ امنيت کشور، آن هم يک هفته پس از حادثه تروريستی حرم مطهر شاهچراغ و هشدار فرمانده کل سپاه، نتيجه سردرگمي، تعلل و دست‌دست‌کردن دبيرخانه شورايی عالی امنيت ملی است! مماشات تا کجا؟»
در مجلس نیز منتقدان شمخانی بیکار نبوده و از هر فرصتی برای حمله به وی استفاده می‌کنند. در همین رابطه یک نماینده مجلس با انتقاد شدید از عملکرد شورای عالی امنیت ملی در سخنانی تاکید کرد: «آقای شمخانی حفظ نظام از اوجب واجبات است حتی از حفظ جان امام زمان هم مقدم‌تر است.»
یکی دیگر از نمایندگان مجلس نیز با متهم کردن شمخانی به کم‌کاری در واکنش به اعتراضات گفت: «خفاشان با مشتی خاک نمی‌توانند جلوی نور افشانی خورشید ولایت را بگیرند بنابراین آقای شمخانی نباید رفاقت با خاتمی را بر اصل نظام اسلامی مقدم بدارید.»
مخالفت با شمخانی به مجمع تشخیص مصلحت نظام هم رسیده است به طوری که پس از ارائه گزارش توسط شمخانی به مجمع، برخی از اعضای مجمع انتقادات تندی را نسبت به عملکرد شمخانی داشتند.
شنیده‌ها حاکی از آن است که جبهه پايداري به دنبال برکناری علی شمخانی و نشاندن سعید جلیلی به صندلی دبیری شورای عالی امنیت ملی است.