در پی انتشار اخبار غیررسمی مبنی بر ارائه فهرست اعضای کابینه جدید توسط حسن روحانی به رهبر جمهوری اسلامی برای هماهنگی و تایید کابینه، وبسایت دفتر حفظ و آثار آیت الله خامنه‌ای دخالت او را در انتخاب همه اعضای کابینه رد کرد.
در یادداشتی که روز جمعه ششم مرداد در این وبسایت منتشر شده و خبرگزاری‌های ایران آن را بازنشر کرده‌اند، آمده است: «رویه ثابت در همه دولت‌ها، هماهنگی با رهبری در انتخاب وزیران دفاع، امور خارجه و اطلاعات بوده است.»
در ادامه آمده است که رهبر جمهوری اسلامی در خصوص برخی وزارتخانه‌ها مثل علوم، آموزش‌وپرورش و ارشاد اسلامی، حساسیت‌هایی دارد اما در انتخاب مسئولان این وزارتخانه‌ها، ورود نمی‌کند.
این در حالیست که بررسی‌ها نشان می‌دهد آیت الله خامنه‌ای هر جا که جابجایی و انتصابها در کابینه مغایر با نظر او بوده، مخالفت علنی یا غیرعلنی خود را اعلام کرده است. مخالفت او با انتصاب اسفندیار رحیم مشایی به معاون اولی محمود احمدی‌نژاد در دولت دهم نشان داد که پست معاون اولی از پست‌هایی در دولت است که آیت الله خامنه‌ای نسبت به آن «حساسیت» دارد.
از سوی دیگر، رهبر جمهوری اسلامی در مورد وزیر کشور نیز نظر می‌دهد چرا که وزیر کشور جانشین فرمانده کل قوا(رهبر) در نیروی انتظامی است.
ضمن اینکه علاوه بر رهبر جمهوری اسلامی، منصوبان او در دستگاههای مختلف نیز گاه به انتقادات تند از برخی از مقامات دولتی می پردازند که زمینه را برای تغییر این مقامات فراهم میکند.
در بخش دیگری از یادداشت منتشر شده در وبسایت دفتر حفظ و آثار رهبر جمهوری اسلامی آمده است که آیت الله خامنه‌ای در مراسم ۱۴ خرداد امسال به اختیارات و امکانات گسترده رئیس جمهوری و دولت در ساماندهی به وضعیت اقتصادی کشور اشاره کرد.
این در حالیست آیت الله خامنه‌ای طی سالهای اخیر با وجود تایید اختیارات دولت در امور اقتصادی، نظرات و ایده‌های اقتصادی خود را در جلسات رسمی و در سخنرانی‌ها مطرح کرده و به تدریج از طریق اختیارات خود و نهادهای وابسته به خود آنها را در دستور کار دولت قرار داده است.مهمترین نمونه از این دست، ایده اقتصاد مقاومتی است که در سالهای گذشته توسط آیت الله خامنه‌ای مطرح شد و سرانجام دولت حسن روحانی ناچار به راه اندازی ستادی برای پیگیری اجرای آن در دولت شد.