در حالیکه برخی از نظامیان و نمایندگان مجلس ایران بازدید از مراکز نظامی در قالب اجرای پروتکل الحاقی را غیرقابل پذیرش دانسته‌اند، وزير امور خارجه ايران معتقد است که اینگونه «گلچين کردن» بعضی از بخش‌های پروتکل الحاقی توسط ایران، به هيچ وجه امکان پذير نيست.
محمد جواد ظريف، روز شنبه ۱۶ خرداد در گفتگو با روزنامه اعتماد با اعلام اين موضوع گفت اگر ایران بخواهد بخشهایی از پروتکل الحاقی را گلچین کند، اين اختيار را به طرف‌های مقابل می دهد که اقدامات مشابهی انجام دهند.
موافقت با اجرای پروتکل الحاقی در پيمان منع گسترش سلاح‌های هسته‌ای، این اجازه را به سازمان بین‌المللی انرژی اتمی می‌دهد که بر فعالیت‌های هسته‌ای کشورهای عضو دسترسی کامل داشته باشد.
ایران در اواخر دولت محمد خاتمی، پروتکل الحاقی را به طور داوطلبانه اجرا کرده بود اما با روی کار آمدن محمود احمدی‌نژاد، از ادامه این کار سر باز زد.
وزیر امور خارجه ایران در بخش دیگری از گفت و گوی خود گفت: «اين گونه نيست كه فقط ايران ملاحظات امنيتی و نگرانی لو رفتن اسرار خود را داشته باشد و اسرار صنعتی بخشی از برنامه هسته‌ای خيلی از كشورها است و اينها هم دارند كار خودشان را با پذيرفتن پروتكل الحاقی انجام می‌‌دهند.»
این سخنان آقای ظریف، همزمان با اظهارات گروهی از نمایندگان مجلس و فرماندهان نظامی است که اجرای کامل این پروتکل را رد کرده‌اند.
مرورگر شما HTML5 را پشتیبانی نمی کند
احسان مهرابی، خبرنگار پیشین پارلمانی ایران
برخی از نمايندگان مجلس از پذيرش پروتکل الحاقی به شرط استثنا شدن دسترسی به مراکز نظامی و مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای سخن گفته‌اند.
مسعود جزایری، معاون ستاد کل نيروهای مسلح ايران روز جمعه ۱۵ خرداد گفت: «حتی اجازه بازديد محدود و کنترل شده از مراکز نظامی ايران داده نمی‌شود.»
يک روز پیش از آن عباس عراقچی، معاون وزير امور خارجه ایران و عضو ارشد تيم مذاکره کننده ايران که در حال برگزاری دور دیگری از مذاکرات با شش قدرت جهانی در وین اتریش است، بر دسترسی مديريت شده به مراکز نظامی و هسته ای ایران به عنوان بخشی از پروتکل الحاقی و توافق با گروه ۵+۱ تاکید کرده بود.
وزیرامورخارجه ایران، در بخش دیگری از گفتگوی خود با روزنامه اعتماد، با انتقاد از مخالفت‌هایی که با مذاکرات هسته‌ای در ایران شده گفت: «بعضی حرف‌ها، مواضع طرف مقابل را از سه بعد بسيار مهم گفتمانی، عملياتی و مذاکراتی تقويت می‌کند.»
با وجود اعلام چند باره مقامات ایرانی که مذاکرات هسته‌ای در چارچوب تعیین شده رهبر جمهوری اسلامی انجام و جزییات آن به او منتقل می‌شود، مخالفان تیم مذاکره کننده ایران تاکنون چندین تجمع اعتراضی برگزار کرده ودر تریبونهای رسمی از جمله مجلس، عملکرد هیات ایرانی را زیر سوال برده اند.