بر اساس گزارش‌های متعدد، امضای نامه درخواست استعفای آیت الله خامنه‌ای برای امضاء‌کنندگان آن پیامدهای سختی داشته است.
در هفته‌های گذشته، جواد لعل‌محمدی و محمدحسین سپهری، از امضا کنندگان نامه پیام‌های تهدید آمیز دریافت کردند، رضا مهرگان مورد حمله قرار گرفت و محمد نوری زاد و محمد مهدوی‌فر بازداشت شدند.
اواخر خرداد امسال، ۱۴ نفر از فعالان مدنی و سیاسی داخل ایران با امضای نامه‌ای خواستار استعفای علی خامنه‌ای از رهبری و تغییر بنیادین قانون اساسی شدند.
در این نامه با اشاره به اینکه در طول «سال‌های پرخسارت» افرادی که مشفقانه و به طور مدنی تلاش کردند رهبر جمهوری اسلامی و سران جمهوری اسلامی را از «کج دستی‌ها و کج روی‌های ویرانگرانه‌شان» باز دارند یا زندانی شده یا کشته شدند، از مردم و فعالان خواسته شده بود: «با صراحت تمام پای به میدان گذارده و با درخواست تغییر بنیادین قانون اساسی و استعفای رهبری که هر روز بر حدود اختیارات به ناحق خود می‌افزاید، پیش‌قراول این حرکت ملی باشند.»
امضاکنندگان نامه در ادامه رئیس جمهوری و نمایندگان را «تدارکاتچی» رهبر خواندند.
چند هفته پس از امضای این نامه، رضا مهرگان، یکی از امضاکنندگان آن، با انتشار ویدئویی در شبکه های اجتماعی اعلام کرد که توسط افراد ناشناس با شوکر مورد حمله و ضرب و شتم قرار گرفته است.
پیش از آن، جواد لعل‌محمدی، عضو کانون صنفی معلمان مشهد و از امضا کنندگان نامه اعلام کرده بود که چند بار پیام‌های تهدیدآمیز دریافت کرده ومحمدحسین سپهری، یکی دیگر از امضا کنندگان با انتشار ویدئویی گفته بود که فردی چاقو به دست زنگ در خانه او را زده بود و پس از تماس با ۱۱۰ نیز ماموری برای رسیدگی مراجعه نکرده بود.
علاوه بر این برخوردها، محمد نوری زاد، یکی دیگر از امضا کنندگان نامه چهارشنبه ۱۹ تیرماه در پی مراجعه به شعبه اول دادیاری ناحیه ۳۳ اوین بازداشت شد.
محمد رضا مهدوی‌فر نیز ۲۲ تیر در شهر آران و بیدگل بازداشت شد. اعضای خانواده او دلیل بازداشت را «توهین به رهبری» عنوان کردند. آقای مهدوی‌فر که پیشتر نیز بارها زندانی شده بود و در حال گذراندن دوران تبعید خود بود، هنگام بازداشت در مرخصی به سر می‌برد.
بازداشت امضا کنندگان نامه در حالیست که آیت الله خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود اعلام کرده است افراد در انتقاد از او آزادند. با این حال نه تنها هیچ انتقادی از رهبر جمهوری اسلامی در رسانه‌ها به چشم نمی‌خورد، بلکه کمترین انتقاد مطرح شده از سوی فعالان نیز اتهام توهین به رهبری را به همراه دارد.
در ماه‌های گذشته مایک پمپئو، وزیر خارجه آمریکا، محمدجواد ظریف و حسن روحانی را «ویترین مافیای فاسد دینی» خوانده و گفته بود که دولت آمریکا می‌داند این خامنه‌ای است که تصمیم‌های نهایی را می‌گیرد.
آقای پمپئو همچنین با انتشار پیام‌هایی در توئیتر با هشتگ #چهل_سال_شکست، از بدتر شدن وضعیت اقتصادی و حقوق بشر طی چهل سال گذشته نوشت و اعلام کرد که رهبران جمهوری اسلامی ایدئولوژی را بر منافع مردم ترجیح می دهند.